T3E: TRANSPOSABLE ELEMENT ENRICHMENT ESTIMATOR

Michelle Almeida da Paz*, Leila Taher

*Korrespondierende/r Autor/in für diese Arbeit

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/KonferenzbandBeitrag in einem Konferenzband

Abstract

Because of their repetitive nature, short sequencing reads derived from transposable elements (TEs) cannot be unambiguously mapped to the reference genome. As a result, most genomic analyses neglect over 50% of the human genome. Here, we present T3E, an algorithm to characterize the histone modifications associated with TEs from Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq) data. T3E relies on the structure of the ChIP seq control experiment to assess enrichment. When applying T3E to five ChIP-seq libraries we found consistently fewer enrichments compared to a strategy that assumes a random distribution of the reads across the genome, suggesting that the latter has a high false positive rate. This provides a framework for the functional analysis of TEs.
Originalspracheenglisch
TitelProceedings Annual Meeting of the Austrian Society for Biomedical Engineering 2021
UntertitelÖGBMT 2021
Herausgeber (Verlag)Verlag der Technischen Universität Graz
Seiten95-98
Seitenumfang4
DOIs
PublikationsstatusVeröffentlicht - 2021
VeranstaltungÖGBMT Jahrestagung 2021: ÖGBMT 2021 - Graz University of Technology, Graz, Österreich
Dauer: 30 Sep 20211 Okt 2021
https://oegbmt2021.tugraz.at/

Konferenz

KonferenzÖGBMT Jahrestagung 2021
KurztitelÖGBMT 2021
LandÖsterreich
OrtGraz
Zeitraum30/09/211/10/21
Internetadresse

Fingerprint

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