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Erscheinungsjahr

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  • 2011

Autor

  • Leila Taher
2011

Effects of HMGN variants on the cellular transcription profile

Rochman, M., Taher, L., Kurahashi, T., Cherukuri, S., Uversky, V. N., Landsman, D., Ovcharenko, I. & Bustin, M., Mai 2011, in : Nucleic acids research. 39, 10, S. 4076-87 12 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Genome-wide CTCF distribution in vertebrates defines equivalent sites that aid the identification of disease-associated genes

Martin, D., Pantoja, C., Fernández Miñán, A., Valdes-Quezada, C., Moltó, E., Matesanz, F., Bogdanović, O., de la Calle-Mustienes, E., Domínguez, O., Taher, L., Furlan-Magaril, M., Alcina, A., Cañón, S., Fedetz, M., Blasco, M. A., Pereira, P. S., Ovcharenko, I., Recillas-Targa, F., Montoliu, L., Manzanares, M. &4 mehrGuigó, R., Serrano, M., Casares, F. & Gómez-Skarmeta, J. L., Jun 2011, in : Nature structural & molecular biology. 18, 6, S. 708-14 7 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Genome-wide identification of conserved regulatory function in diverged sequences

Taher, L., McGaughey, D. M., Maragh, S., Aneas, I., Bessling, S. L., Miller, W., Nobrega, M. A., McCallion, A. S. & Ovcharenko, I., Jul 2011, in : Genome research. 21, 7, S. 1139-49 11 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Global gene expression analysis of murine limb development

Taher, L., Collette, N. M., Murugesh, D., Maxwell, E., Ovcharenko, I. & Loots, G. G., 2011, in : PLoS ONE. 6, 12, S. e28358

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

2012

A machine learning approach for identifying novel cell type-specific transcriptional regulators of myogenesis

Busser, B. W., Taher, L., Kim, Y., Tansey, T., Bloom, M. J., Ovcharenko, I. & Michelson, A. M., 2012, in : PLoS Genetics. 8, 3, S. e1002531

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

CLARE: Cracking the LAnguage of Regulatory Elements

Taher, L., Narlikar, L. & Ovcharenko, I., 15 Feb 2012, in : Bioinformatics. 28, 4, S. 581-3 3 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Endemicity analysis, parsimony and biotic elements: A formal comparison using hypothetical distributions

Casagranda, M. D., Taher, L. & Szumik, C. A., 1 Dez 2012, in : Cladistics. 28, 6, S. 645-654 10 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Systematic elucidation and in vivo validation of sequences enriched in hindbrain transcriptional control

Burzynski, G. M., Reed, X., Taher, L., Stine, Z. E., Matsui, T., Ovcharenko, I. & McCallion, A. S., Nov 2012, in : Genome research. 22, 11, S. 2278-89 12 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

2013

A high-resolution enhancer atlas of the developing telencephalon

Visel, A., Taher, L., Girgis, H., May, D., Golonzhka, O., Hoch, R. V., McKinsey, G. L., Pattabiraman, K., Silberberg, S. N., Blow, M. J., Hansen, D. V., Nord, A. S., Akiyama, J. A., Holt, A., Hosseini, R., Phouanenavong, S., Plajzer-Frick, I., Shoukry, M., Afzal, V., Kaplan, T. &5 mehrKriegstein, A. R., Rubin, E. M., Ovcharenko, I., Pennacchio, L. A. & Rubenstein, J. L. R., 14 Feb 2013, in : Cell. 152, 4, S. 895-908 14 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Identifying genes relevant to specific biological conditions in time course microarray experiments

Singh, N. K., Repsilber, D., Liebscher, V., Taher, L. & Fuellen, G., 2013, in : PLoS ONE. 8, 10, S. e76561

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Massively parallel decoding of mammalian regulatory sequences supports a flexible organizational model

Smith, R. P., Taher, L., Patwardhan, R. P., Kim, M. J., Inoue, F., Shendure, J., Ovcharenko, I. & Ahituv, N., Sep 2013, in : Nature genetics. 45, 9, S. 1021-1028 8 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Sequence signatures extracted from proximal promoters can be used to predict distal enhancers

Taher, L., Smith, R. P., Kim, M. J., Ahituv, N. & Ovcharenko, I., 2013, in : Genome biology. 14, 10, S. R117

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Sost and its paralog Sostdc1 coordinate digit number in a Gli3-dependent manner

Collette, N. M., Yee, C. S., Murugesh, D., Sebastian, A., Taher, L., Gale, N. W., Economides, A. N., Harland, R. M. & Loots, G. G., 1 Nov 2013, in : BMC Biology . 383, 1, S. 90-105 16 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

2014

Transcriptional regulation of enhancers active in protodomains of the developing cerebral cortex

Pattabiraman, K., Golonzhka, O., Lindtner, S., Nord, A. S., Taher, L., Hoch, R., Silberberg, S. N., Zhang, D., Chen, B., Zeng, H., Pennacchio, L. A., Puelles, L., Visel, A. & Rubenstein, J. L. R., 4 Jun 2014, in : Neuron. 82, 5, S. 989-1003 15 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

2015

Bioinformatics approaches to single-blastomere transcriptomics

Taher, L., Pfeiffer, M. J. & Fuellen, G., Feb 2015, in : Molecular Human Reproduction. 21, 2, S. 115-25 11 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Chromatin decompaction by the nucleosomal binding protein HMGN5 impairs nuclear sturdiness

Furusawa, T., Rochman, M., Taher, L., Dimitriadis, E. K., Nagashima, K., Anderson, S. & Bustin, M., 22 Jan 2015, in : Nature Communications. 6, S. 6138

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Comparative computational analysis of pluripotency in human and mouse stem cells

Ernst, M., Abu Dawud, R., Kurtz, A., Schotta, G., Taher, L. & Fuellen, G., 21 Jan 2015, in : Scientific Reports. 5, S. 7927

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Differences in embryo quality are associated with differences in oocyte composition: a proteomic study in inbred mice

Pfeiffer, M. J., Taher, L., Drexler, H., Suzuki, Y., Makałowski, W., Schwarzer, C., Wang, B., Fuellen, G. & Boiani, M., Feb 2015, in : Proteomics. 15, 4, S. 675-87 13 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Identification and computational analysis of gene regulatory elements

Taher, L., Narlikar, L. & Ovcharenko, I., 5 Jan 2015, in : Cold Spring Harbor Protocols. 2015, 1, S. pdb.top083642

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftReview eines Fachbereichs (Review article)ForschungBegutachtung

TRIM32 modulates pluripotency entry and exit by directly regulating Oct4 stability

Bahnassawy, L., Perumal, T. M., Gonzalez-Cano, L., Hillje, A-L., Taher, L., Makalowski, W., Suzuki, Y., Fuellen, G., del Sol, A. & Schwamborn, J. C., 26 Aug 2015, in : Scientific Reports. 5, S. 13456

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

2016

Analysis of microRNA and Gene Expression Profiles in Multiple Sclerosis: Integrating Interaction Data to Uncover Regulatory Mechanisms

Freiesleben, S., Hecker, M., Zettl, U. K., Fuellen, G. & Taher, L., 3 Okt 2016, in : Scientific Reports. 6, S. 34512

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

An integrative computational framework for personalized detection of tumor epitopes in melanoma immunotherapy

Jaitly, T., Schaft, N., Doerrie, J., Gross, S., Schuler-Thurner, B., Wolkenhauer, O., Schuler, G., Taher, L., Gupta, S. & Vera, J., Aug 2016

Publikation: Andere BeiträgeSonstiger BeitragForschung

Revealing complex function, process and pathway interactions with high-throughput expression and biological annotation data

Singh, N. K., Ernst, M., Liebscher, V., Fuellen, G. & Taher, L., 20 Okt 2016, in : Molecular BioSystems. 12, 10, S. 3196-208 13 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Subpallial Enhancer Transgenic Lines: a Data and Tool Resource to Study Transcriptional Regulation of GABAergic Cell Fate

Silberberg, S. N., Taher, L., Lindtner, S., Sandberg, M., Nord, A. S., Vogt, D., Mckinsey, G. L., Hoch, R., Pattabiraman, K., Zhang, D., Ferran, J. L., Rajkovic, A., Golonzhka, O., Kim, C., Zeng, H., Puelles, L., Visel, A. & Rubenstein, J. L. R., 5 Okt 2016, in : Neuron. 92, 1, S. 59-74 16 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

2017

An Immunoinformatics Framework for Identification of Personalized Tumor Epitopes in Cancer

Jaitly, T., Dörrie, N., Schaft, N., Gross, S., Schuler-Thurner, B., Gupta, S., Taher, L., Schuler, G. & Vera, J., Mär 2017.

Publikation: KonferenzbeitragAbstractForschungBegutachtung

Open Access
2018

A Dispensable Chromosome Is Required for Virulence in the Hemibiotrophic Plant Pathogen Colletotrichum higginsianum

Plaumann, P-L., Schmidpeter, J., Dahl, M., Taher, L. & Koch, C., 2018, in : Frontiers in Microbiology . 9, S. 1005

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Comparative High-Resolution Transcriptome Sequencing of Lymphoma Cell Lines and de novo Lymphomas Reveals Cell-Line-Specific Pathway Dysregulation

Taher, L., Beck, J., Liu, W., Roolf, C., Soller, J. T., Rütgen, B. C., Hammer, S. E., Chodisetti, M., Sender, S., Sterenczak, K. A., Fuellen, G., Junghanss, C., Brenig, B., Nolte, I., Schütz, E. & Murua Escobar, H., 19 Apr 2018, in : Scientific Reports. 8, 1, S. 6279

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Genomic analysis of transcriptional networks directing progression of cell states during MGE development

Sandberg, M., Taher, L., Hu, J., Black, B. L., Nord, A. S. & Rubenstein, J. L. R., 14 Sep 2018, in : Neural networks. 13, 1, S. 21

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Identification of Prognostic Biomarkers by Combined mRNA and miRNA Expression Microarray Analysis in Pancreatic Cancer

Liu, B., Yang, H., Taher, L., Denz, A., Grützmann, R., Pilarsky, C. & Weber, G. F., Jun 2018, in : Translational Oncology. 11, 3, S. 700-714 15 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Pairs of Adjacent Conserved Noncoding Elements Separated by Conserved Genomic Distances Act as Cis-Regulatory Units

Li, L., Barth, N. K. H., Hirth, E. & Taher, L., 1 Sep 2018, in : Genome Biology and Evolution. 10, 9, S. 2535-2550 16 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

2019

An integrated genome-wide multi-omics analysis of gene expression dynamics in the preimplantation mouse embryo

Israel, S., Ernst, M., Psathaki, O. E., Drexler, H. C. A., Casser, E., Suzuki, Y., Makalowski, W., Boiani, M., Fuellen, G. & Taher, L., 16 Sep 2019, in : Scientific Reports. 9, 1, S. 13356

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access

Cancer Is Associated with Alterations in the Three-Dimensional Organization of the Genome

Li, L., Barth, N. K. H., Pilarsky, C. & Taher, L., 27 Nov 2019, in : Cancers. 11, 12

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access

CRISPR/Cas9-Mediated Knock-Out of KrasG12D Mutated Pancreatic Cancer Cell Lines

Lentsch, E., Li, L., Pfeffer, S., Ekici, A. B., Taher, L., Pilarsky, C. & Grützmann, R., 14 Nov 2019, in : International Journal of Molecular Sciences . 20, 22, 11 S., 5706.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access

Evolutionary conserved networks of human height identify multiple Mendelian causes of short stature

Hauer, N. N., Popp, B., Taher, L., Vogl, C., Dhandapany, P. S., Büttner, C., Uebe, S., Sticht, H., Ferrazzi, F., Ekici, A. B., De Luca, A., Klinger, P., Kraus, C., Zweier, C., Wiesener, A., Jamra, R. A., Kunstmann, E., Rauch, A., Wieczorek, D., Jung, A-M. &5 mehrRohrer, T. R., Zenker, M., Doerr, H-G., Reis, A. & Thiel, C. T., Jul 2019, in : European Journal of Human Genetics . 27, 7, S. 1061-1071 11 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access

Suitability of ultrasound-guided fine-needle aspiration biopsy for transcriptome sequencing of the canine prostate

Thiemeyer, H., Taher, L., Schille, J. T., Harder, L., Hungerbuehler, S. O., Mischke, R., Hewicker-Trautwein, M., Kiełbowicz, Z., Brenig, B., Schütz, E., Beck, J., Murua Escobar, H. & Nolte, I., 1 Dez 2019, in : Scientific Reports. 9, 1, 13216.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access
2020

INDEPENDENT TRANSPOSON EXAPTATION IS A WIDESPREAD MECHANISM OF REDUNDANT ENHANCER EVOLUTION IN THE MAMMALIAN GENOME

Barth, N. K. H., Li, L. & Taher, L., 17 Jan 2020, in : Genome Biology and Evolution. evaa004.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access