Leila Taher

Publikationen

Publikationen pro Jahr 2003 2013 2015 2018 2019 2021 2022 2023 2023

• 53 Artikel
• 6 Poster
• 2 Beitrag in einem Konferenzband
• 2 Diskussion
• 7 Mehr
  • 2 Abstract
  • 1 Beitrag in Buch/Bericht
  • 1 Paper
  • 1 Review eines Fachbereichs (Review article)
  • 1 Preprint
  • 1 Working paper

Publikationen pro Jahr

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Suchergebnisse

• 2023

  Butyrophilin 2a2 (Btn2a2) expression on thymic epithelial cells promotes central T cell tolerance and prevents autoimmune disease: Btn2a2 promotes central tolerance

  Frech, M., Danzer, H., Uchil, P., Azizov, V., Schmid, E., Schälter, F., Dürholz, K., Mauro, D., Rauber, S., Muñoz, L., Taher, L., Ciccia, F., Schober, K., Irla, M., Sarter, K., Schett, G. & Zaiss, M. M., Sept. 2023, in: Journal of Autoimmunity. 139, 103071.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  • Immune Tolerance 100%
  • T-Cell Tolerance 100%
  • CD5 66%
  • Tertiary Lymphoid Structure 33%
  • Thymocyte 33%

• Cluster-based conserved non-coding element (CNE) characterization II

  Fibi-Smetana, S. & Taher, L., 11 Okt. 2023.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Poster › Begutachtung

• How enhancers regulate wavelike gene expression patterns

  Mau, C., Rudolf, H., Strobl, F., Schmid, B., Regensburger, T., Palmisano, R., Stelzer, E. H. K., Taher, L. & El-Sherif, E., 2023, in: eLife. 12, e84969.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• Human TH17 cells engage gasdermin E pores to release IL-1α on NLRP3 inflammasome activation

  Chao, Y-Y., Puhach, A., Frieser, D., Arunkumar, M., Lehner, L., Seeholzer, T., Garcia-Lopez, A., van der Wal, M., Fibi-Smetana, S., Dietschmann, A., Sommermann, T., Ćiković, T., Taher, L., Gresnigt, M. S., Vastert, S. J., van Wijk, F., Panagiotou, G., Krappmann, D., Groß, O. & Zielinski, C. E., Feb. 2023, in: Nature Immunology. 24, 2, S. 295-308 14 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  • NLRP3 Inflammasome 100%
  • Th17 Cell 100%
  • Interleukin 1 100%
  • Pyroptosis 16%
  • Cytokine Release 16%

• Predicting 3D genome organization from the nucelotide sequence with DNA-DDA

  Lainscsek, X. & Taher, L., Okt. 2023, S. 163-168. 5 S.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Paper › Begutachtung

• Predicting chromosomal compartments directly from the nucleotide sequence with DNA-DDA

  Lainscsek, X. & Taher, L., 1 Juli 2023, in: Briefings in Bioinformatics. 24, 4, 12 S., bbad198.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  Datei

• Standard high-throughput functional analysis pipelines omit specific repetitive genetic groups

  Almeida da Paz, M., Warger, S. & Taher, L., 17 Apr. 2023.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Poster › Begutachtung

• T3E: a tool for characterising the epigenetic profile of transposable elements using ChIP-seq data

  Almeida da Paz, M. & Taher, L., Nov. 2023.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Poster › Begutachtung

• The TiHoCL panel for canine lymphoma: a feasibility study integrating functional genomics and network biology approaches for comparative oncology targeted NGS panel design

  Fibi-Smetana, S., Inglis, C., Schuster, D., Eberle, N., Granados-Soler, J. L., Liu, W., Krohn, S., Junghanss, C., Nolte, I., Taher, L. & Murua Escobar, H., 8 Dez. 2023, in: Frontiers in Veterinary Science. 10, 14 S., 1301536.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  • Next Generation Sequencing 100%
  • Functional Genomics 100%
  • Blood 100%
  • DNA 100%
  • Nonhodgkin Lymphoma 75%
• 2022

  Btn2a2 Regulates ILC2-T Cell Cross Talk in Type 2 Immune Responses

  Frech, M., Omata, Y., Schmalzl, A., Wirtz, S., Taher, L., Schett, G., Zaiss, M. M. & Sarter, K., 2022, in: Frontiers in Immunology. 13, 14 S., 757436.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  • Innate Lymphoid Cell 100%
  • Helminth 33%
  • Interleukin 13 33%
  • Thymic Stromal Lymphopoietin 33%
  • Antigen-Presenting Cell 33%

• Cluster-based conserved non-coding element (CNE) characterization

  Fibi-Smetana, S. & Taher, L., 20 Sept. 2022.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Poster › Begutachtung

• DNA-DDA predicts genome wide 3D chromatin structure directly from the reference sequence

  Lainscsek, X. & Taher, L., Sept. 2022.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Poster

• Evaluation of the Synergistic Potential of Simultaneous Pan- or Isoform-Specific BET and SYK Inhibition in B-Cell Lymphoma: An In Vitro Approach

  Sender, S., Sultan, A. W., Palmer, D., Koczan, D., Sekora, A., Beck, J., Schuetz, E., Taher, L., Brenig, B., Fuellen, G., Junghanss, C. & Murua Escobar, H., Okt. 2022, in: Cancers. 14, 19, 4691.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• RNA-seq of nine canine prostate cancer cell lines reveals diverse therapeutic target signatures

  Packeiser, E-M., Taher, L., Kong, W., Ernst, M., Beck, J., Hewicker-Trautwein, M., Brenig, B., Schütz, E., Murua Escobar, H. & Nolte, I., Dez. 2022, in: Cancer Cell International. 22, 1, 54.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• T3E: a tool for characterising the epigenetic profile of transposable elements using ChIP-seq data

  Almeida da Paz, M. & Taher, L., Dez. 2022, in: Mobile DNA. 13, 1, 29.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• T3E: a tool for characterising the epigenetic profile of transposable elements using ChIP-seq data

  Almeida da Paz, M. & Taher, L., 3 Juni 2022, (Research Square).

  Publikation: Arbeitspapier › Preprint

• Transcription profiling of feline mammary carcinomas and derived cell lines reveals biomarkers and drug targets associated with metabolic and cell cycle pathways

  Granados-Soler, J. L., Taher, L., Beck, J., Bornemann-Kolatzki, K., Brenig, B., Nerschbach, V., Ferreira, F., Junginger, J., Hewicker-Trautwein, M., Murua Escobar, H. & Nolte, I., Dez. 2022, in: Scientific Reports. 12, 1, 17025.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• Unveiling epigenetic profiles of transposable elements in ChIP-seq data using T3E

  Almeida da Paz, M. & Taher, L., 20 Sept. 2022.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Poster › Begutachtung
• 2021

  An RNA-Seq-Based Framework for Characterizing Canine Prostate Cancer and Prioritizing Clinically Relevant Biomarker Candidate Genes

  Thiemeyer, H., Taher, L., Schille, J. T., Packeiser, E-M., Harder, L. K., Hewicker-Trautwein, M., Brenig, B., Schütz, E., Beck, J., Nolte, I. & Murua Escobar, H., 1 Nov. 2021, in: International Journal of Molecular Sciences. 22, 21, 11481.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• BTK and PI3K Inhibitors Reveal Synergistic Inhibitory Anti-Tumoral Effects in Canine Diffuse Large B-Cell Lymphoma Cells

  Kong, W., Sender, S., Taher, L., Villa-Perez, S., Ma, Y., Sekora, A., Ruetgen, B. C., Brenig, B., Beck, J., Schuetz, E., Junghanss, C., Nolte, I. & Escobar, H. M., 1 Dez. 2021, in: International Journal of Molecular Sciences. 22, 23, 12673.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  • Ibrutinib 100%
  • B Cell Lymphoma Cell 100%
  • Bruton Tyrosine Kinase 100%
  • Phosphoinositide 3-Kinase Inhibitor 100%
  • B Cell 100%

• Convalescent COVID-19 Patients Without Comorbidities Display Similar Immunophenotypes Over Time Despite Divergent Disease Severities

  Chu, C-F., Sabath, F., Fibi-Smetana, S., Sun, S., Öllinger, R., Noeßner, E., Chao, Y-Y., Rinke, L., Winheim, E., Rad, R., Krug, A. B., Taher, L. & Zielinski, C. E., 19 Aug. 2021, in: Frontiers in Immunology. 12, S. 1-18 18 S., 601080.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  • Host Immune Response 100%

• Purely Sequence based prediction of contact maps and classification of chromosomal compartments with DDA-DNA

  Lainscsek, X. & Taher, L., 2021, Proceedings Annual Meeting of the Austrian Society for Biomedical Engineering 2021 : ÖGBMT 2021. Müller-Putz, G. R. & Baumgartner, C. (Hrsg.). Graz: Verlag der Technischen Universität Graz, S. 99-102 4 S.

  Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Konferenzband › Beitrag in einem Konferenzband › Begutachtung

  • DNA 100%
  • Classification 100%
  • Chromatin 66%
  • Gene Control 33%
  • Nucleotide Sequence 33%

• T3E: TRANSPOSABLE ELEMENT ENRICHMENT ESTIMATOR

  Almeida da Paz, M. & Taher, L., 2021, Proceedings Annual Meeting of the Austrian Society for Biomedical Engineering 2021: ÖGBMT 2021. Verlag der Technischen Universität Graz, S. 95-98 4 S.

  Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Konferenzband › Beitrag in einem Konferenzband › Begutachtung

  Open Access

• The proteome, not the transcriptome, predicts that oocyte superovulation affects embryonic phenotypes in mice

  Taher, L., Israel, S., Drexler, H. C. A., Makalowski, W., Suzuki, Y., Fuellen, G. & Boiani, M., 9 Dez. 2021, in: Scientific Reports. 11, 1, 23731.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access
• 2020

  Ibrutinib treatment leads to H3K27ac redistribution in chronic lymphocytic leukemia

  Lambe, A., Barth, N. K. H., Papakonstantinou, N., Xanthopoulos, C., Gounari, M., Stamatopoulos, K., Taher, L. & Kostareli, E., 16 März 2020, in: Leukemia & Lymphoma. 61, Supp.1, S. 252-253

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Abstract › Begutachtung

• Independent Transposon Exaptation Is a Widespread Mechanism of Redundant Enhancer Evolution in the Mammalian Genome

  Barth, N. K. H., Li, L. & Taher, L., 17 März 2020, in: Genome Biology and Evolution. 12, 3, S. 1-17 17 S., evaa004.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access
• 2019

  An integrated genome-wide multi-omics analysis of gene expression dynamics in the preimplantation mouse embryo

  Israel, S., Ernst, M., Psathaki, O. E., Drexler, H. C. A., Casser, E., Suzuki, Y., Makalowski, W., Boiani, M., Fuellen, G. & Taher, L., 16 Sept. 2019, in: Scientific Reports. 9, 1, S. 13356

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

  • Blastocyst 100%
  • Preimplantation 100%
  • Morula 66%
  • Ribosome 66%
  • Oocyte 33%

• Cancer Is Associated with Alterations in the Three-Dimensional Organization of the Genome

  Li, L., Barth, N. K. H., Pilarsky, C. & Taher, L., 27 Nov. 2019, in: Cancers. 11, 12

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• CRISPR/Cas9-Mediated Knock-Out of KrasG12D Mutated Pancreatic Cancer Cell Lines

  Lentsch, E., Li, L., Pfeffer, S., Ekici, A. B., Taher, L., Pilarsky, C. & Grützmann, R., 14 Nov. 2019, in: International Journal of Molecular Sciences . 20, 22, 11 S., 5706.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• Evolutionary conserved networks of human height identify multiple Mendelian causes of short stature

  Hauer, N. N., Popp, B., Taher, L., Vogl, C., Dhandapany, P. S., Büttner, C., Uebe, S., Sticht, H., Ferrazzi, F., Ekici, A. B., De Luca, A., Klinger, P., Kraus, C., Zweier, C., Wiesener, A., Jamra, R. A., Kunstmann, E., Rauch, A., Wieczorek, D., Jung, A-M., &5 mehrRohrer, T. R., Zenker, M., Doerr, H-G., Reis, A. & Thiel, C. T., Juli 2019, in: European Journal of Human Genetics . 27, 7, S. 1061-1071 11 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access

• Suitability of ultrasound-guided fine-needle aspiration biopsy for transcriptome sequencing of the canine prostate

  Thiemeyer, H., Taher, L., Schille, J. T., Harder, L., Hungerbuehler, S. O., Mischke, R., Hewicker-Trautwein, M., Kiełbowicz, Z., Brenig, B., Schütz, E., Beck, J., Murua Escobar, H. & Nolte, I., 1 Dez. 2019, in: Scientific Reports. 9, 1, 13216.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  Open Access
• 2018

  A Dispensable Chromosome Is Required for Virulence in the Hemibiotrophic Plant Pathogen Colletotrichum higginsianum

  Plaumann, P-L., Schmidpeter, J., Dahl, M., Taher, L. & Koch, C., 2018, in: Frontiers in Microbiology . 9, S. 1005

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Colletotrichum 100%
  • Chromosome 11 50%
  • Appressoria 25%
  • Chromosome Loss 25%
  • Gene Expression Regulation 25%

• Comparative High-Resolution Transcriptome Sequencing of Lymphoma Cell Lines and de novo Lymphomas Reveals Cell-Line-Specific Pathway Dysregulation

  Taher, L., Beck, J., Liu, W., Roolf, C., Soller, J. T., Rütgen, B. C., Hammer, S. E., Chodisetti, M., Sender, S., Sterenczak, K. A., Fuellen, G., Junghanss, C., Brenig, B., Nolte, I., Schütz, E. & Murua Escobar, H., 19 Apr. 2018, in: Scientific Reports. 8, 1, S. 6279

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Lymphoid Cell Line 100%
  • Clonal Selection 33%
  • Dog 33%
  • Immortalised Cell Line 33%
  • Genetic Selection 33%

• Genomic analysis of transcriptional networks directing progression of cell states during MGE development

  Sandberg, M., Taher, L., Hu, J., Black, B. L., Nord, A. S. & Rubenstein, J. L. R., 14 Sept. 2018, in: Neural Networks. 13, 1, S. 21

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Cholinergic Neuron 100%
  • in Situ Hybridization 50%
  • Cholinergic 50%
  • Chromatin 50%
  • Basic Helix-Loop-Helix 50%

• Identification of Prognostic Biomarkers by Combined mRNA and miRNA Expression Microarray Analysis in Pancreatic Cancer

  Liu, B., Yang, H., Taher, L., Denz, A., Grützmann, R., Pilarsky, C. & Weber, G. F., Juni 2018, in: Translational Oncology. 11, 3, S. 700-714 15 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

• Pairs of Adjacent Conserved Noncoding Elements Separated by Conserved Genomic Distances Act as Cis-Regulatory Units

  Li, L., Barth, N. K. H., Hirth, E. & Taher, L., 1 Sept. 2018, in: Genome Biology and Evolution. 10, 9, S. 2535-2550 16 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
• 2017

  An Immunoinformatics Framework for Identification of Personalized Tumor Epitopes in Cancer

  Jaitly, T., Dörrie, N., Schaft, N., Gross, S., Schuler-Thurner, B., Gupta, S., Taher, L., Schuler, G. & Vera, J., März 2017.

  Publikation: Konferenzbeitrag › Abstract › Begutachtung

  Open Access
• 2016

  Analysis of microRNA and Gene Expression Profiles in Multiple Sclerosis: Integrating Interaction Data to Uncover Regulatory Mechanisms

  Freiesleben, S., Hecker, M., Zettl, U. K., Fuellen, G. & Taher, L., 3 Okt. 2016, in: Scientific Reports. 6, S. 34512

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Multiple Sclerosis 100%
  • MicroRNA 100%

• An integrative computational framework for personalized detection of tumor epitopes in melanoma immunotherapy

  Jaitly, T., Schaft, N., Doerrie, J., Gross, S., Schuler-Thurner, B., Wolkenhauer, O., Schuler, G., Taher, L., Gupta, S. & Vera, J., Aug. 2016, PeerJ Preprints.

  Publikation: Arbeitspapier › Working paper

• Revealing complex function, process and pathway interactions with high-throughput expression and biological annotation data

  Singh, N. K., Ernst, M., Liebscher, V., Fuellen, G. & Taher, L., 20 Okt. 2016, in: Molecular BioSystems. 12, 10, S. 3196-208 13 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Complex Function 100%
  • Liver Function 50%
  • Organogenesis 50%
  • Spatial Organization 33%
  • Interconnected Network 33%

• Subpallial Enhancer Transgenic Lines: a Data and Tool Resource to Study Transcriptional Regulation of GABAergic Cell Fate

  Silberberg, S. N., Taher, L., Lindtner, S., Sandberg, M., Nord, A. S., Vogt, D., Mckinsey, G. L., Hoch, R., Pattabiraman, K., Zhang, D., Ferran, J. L., Rajkovic, A., Golonzhka, O., Kim, C., Zeng, H., Puelles, L., Visel, A. & Rubenstein, J. L. R., 5 Okt. 2016, in: Neuron. 92, 1, S. 59-74 16 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
• 2015

  Bioinformatics approaches to single-blastomere transcriptomics

  Taher, L., Pfeiffer, M. J. & Fuellen, G., Feb. 2015, in: Molecular Human Reproduction. 21, 2, S. 115-25 11 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

• Chromatin decompaction by the nucleosomal binding protein HMGN5 impairs nuclear sturdiness

  Furusawa, T., Rochman, M., Taher, L., Dimitriadis, E. K., Nagashima, K., Anderson, S. & Bustin, M., 22 Jan. 2015, in: Nature Communications . 6, 6138.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Nuclear Lamina 100%
  • Birth 50%
  • Rigidity 50%

• Comparative computational analysis of pluripotency in human and mouse stem cells

  Ernst, M., Abu Dawud, R., Kurtz, A., Schotta, G., Taher, L. & Fuellen, G., 21 Jan. 2015, in: Scientific Reports. 5, S. 7927

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Reprogramming 100%
  • DNA Damage Response 100%

• Differences in embryo quality are associated with differences in oocyte composition: a proteomic study in inbred mice

  Pfeiffer, M. J., Taher, L., Drexler, H., Suzuki, Y., Makałowski, W., Schwarzer, C., Wang, B., Fuellen, G. & Boiani, M., Feb. 2015, in: Proteomics. 15, 4, S. 675-87 13 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Inbred Mouse Strain 100%
  • Oocyte 100%
  • Mus musculus 25%
  • C3H/He Mouse 25%
  • DBA 2 Mouse 25%

• Identification and computational analysis of gene regulatory elements

  Taher, L., Narlikar, L. & Ovcharenko, I., 5 Jan. 2015, in: Cold Spring Harbor Protocols. 2015, 1, S. pdb.top083642

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Review eines Fachbereichs (Review article) › Begutachtung

  • Gene 100%
  • Regulatory Element 100%
  • Comprehension 50%
  • Next Generation Sequencing 50%
  • RNA 50%

• TRIM32 modulates pluripotency entry and exit by directly regulating Oct4 stability

  Bahnassawy, L., Perumal, T. M., Gonzalez-Cano, L., Hillje, A-L., Taher, L., Makalowski, W., Suzuki, Y., Fuellen, G., del Sol, A. & Schwamborn, J. C., 26 Aug. 2015, in: Scientific Reports. 5, S. 13456

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
• 2014

  Transcriptional regulation of enhancers active in protodomains of the developing cerebral cortex

  Pattabiraman, K., Golonzhka, O., Lindtner, S., Nord, A. S., Taher, L., Hoch, R., Silberberg, S. N., Zhang, D., Chen, B., Zeng, H., Pennacchio, L. A., Puelles, L., Visel, A. & Rubenstein, J. L. R., 4 Juni 2014, in: Neuron. 82, 5, S. 989-1003 15 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
• 2013

  A high-resolution enhancer atlas of the developing telencephalon

  Visel, A., Taher, L., Girgis, H., May, D., Golonzhka, O., Hoch, R. V., McKinsey, G. L., Pattabiraman, K., Silberberg, S. N., Blow, M. J., Hansen, D. V., Nord, A. S., Akiyama, J. A., Holt, A., Hosseini, R., Phouanenavong, S., Plajzer-Frick, I., Shoukry, M., Afzal, V., Kaplan, T., &5 mehrKriegstein, A. R., Rubin, E. M., Ovcharenko, I., Pennacchio, L. A. & Rubenstein, J. L. R., 14 Feb. 2013, in: Cell. 152, 4, S. 895-908 14 S.

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

  • Regulatory Sequence 100%
  • Motor Cognition 100%
  • Regulator Gene 100%
  • Emotion 100%
  • Cognition 100%

• Identifying genes relevant to specific biological conditions in time course microarray experiments

  Singh, N. K., Repsilber, D., Liebscher, V., Taher, L. & Fuellen, G., 2013, in: PLoS ONE. 8, 10, S. e76561

  Publikation: Beitrag in einer Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung