Gerhard Thallinger

Dipl.-Ing. Dr.techn.

20002020
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Forschungsoutput 2000 2019

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Artikel
2019

A Comprehensive FXR Signaling Atlas Derived from Pooled ChIP-seq Data

Jungwirth, E., Panzitt, K., Marschall, H-U., Wagner, M. & Thallinger, G. G., 2019, in : Studies in health technology and informatics. 260, S. 105-112 8 S.

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Open Access
Atlases
Transcription factors
Binding sites
Gene expression
Liver

Comparison and evaluation of integrative methods for the analysis of multilevel omics data: a study based on simulated and experimental cancer data

Pucher, B. M., Zeleznik, O. A. & Thallinger, G. G., 25 Mär 2019, in : Briefings in Bioinformatics. 20, 2, S. 671-681

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Multilevel Analysis
Microarrays
Factorization
Data mining
Neoplasms

Gene and miRNA expression in giant cell arteritis-a concise systematic review of significantly modified studies

Kuret, T., Burja, B., Feichtinger, J., Thallinger, G. G., Frank-Bertoncelj, M., Lakota, K., Žigon, P., Sodin-Semrl, S., Čučnik, S., Tomšič, M. & Hočevar, A., Feb 2019, in : Clinical Rheumatology. 38, 2, S. 307-316

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Giant Cell Arteritis
MicroRNAs
Gene Expression
Arteries
Inflammation

The CXCR4-CXCL12-Axis Is of Prognostic Relevance in DLBCL and Its Antagonists Exert Pro-Apoptotic Effects In Vitro

Pansy, K., Feichtinger, J., Ehall, B., Uhl, B., Sedej, M., Roula, D., Pursche, B., Wolf, A., Zoidl, M., Steinbauer, E., Gruber, V., Greinix, H. T., Prochazka, K. T., Thallinger, G. G., Heinemann, A., Beham-Schmid, C., Neumeister, P., Wrodnigg, T. M., Fechter, K. & Deutsch, A. J., 24 Sep 2019, in : International Journal of Molecular Sciences . 20, 19, 4740.

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Open Access
Lymphoma, Large B-Cell, Diffuse
Lymphoma
Cells
bone marrow
Bone

Utility of serological biomarkers for giant cell arteritis in a large cohort of treatment-naïve patients

Burja, B., Feichtinger, J., Lakota, K., Thallinger, G. G., Sodin-Semrl, S., Kuret, T., Rotar, Ž., Ješe, R., Žigon, P., Čučnik, S., Mali, P., Praprotnik, S., Tomšič, M. & Hočevar, A., Feb 2019, in : Clinical Rheumatology. 38, 2, S. 317-329

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Giant Cell Arteritis
Biomarkers
Blood Donors
Matrix Metalloproteinases
Therapeutics
2018

A concise review of significantly modified serological biomarkers in giant cell arteritis, as detected by different methods

Burja, B., Kuret, T., Sodin-Semrl, S., Lakota, K., Rotar, Ž., Ješe, R., Mrak-Poljšak, K., Žigon, P., Thallinger, G. G., Feichtinger, J., Čučnik, S., Tomšič, M., Praprotnik, S. & Hočevar, A., 1 Feb 2018, in : Autoimmunity Reviews. 17, 2, S. 188-194

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Giant Cell Arteritis
Biomarkers
Arteries
Systemic Vasculitis
Acute-Phase Proteins

Comparison of tear proteome in allergic rhinoconjunctivitis patients and controls with respect to pollen season

Tomazic, P. V., Liesinger, L., Pucher, B., Thallinger, G. G., Leitner, A., Spoerk, S., Gerstenberger, C., Lang-Loidolt, D. & Birner-Gruenberger, R., Jul 2018, in : Allergy. 73, 7, S. 1541-1543

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Cytoplasmic location of NR4A1 in aggressive lymphomas is associated with a favourable cancer specific survival

Fechter, K., Feichtinger, J., Prochazka, K., Unterluggauer, J. J., Pansy, K., Steinbauer, E., Pichler, M., Haybaeck, J., Prokesch, A., Greinix, H. T., Beham-Schmid, C., Neumeister, P., Thallinger, G. G. & Deutsch, A. J. A., 28 Sep 2018, in : Scientific reports. 8, 1, 14528.

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Lymphoma
Survival
Nuclear Receptor Subfamily 4, Group A, Member 1
Neoplasms
Germinal Center

Deletion of Adipose Triglyceride Lipase Links Triacylglycerol Accumulation to a More-Aggressive Phenotype in A549 Lung Carcinoma Cells

Tomin, T., Fritz, K., Gindlhuber, J., Waldherr, L., Pucher, B., Thallinger, G. G., Nomura, D. K., Schittmayer, M. & Birner-Gruenberger, R., 6 Apr 2018, in : Journal of proteome research. 17, 4, S. 1415-1425

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Lipase
Triglycerides
Cells
Carcinoma
Phenotype

Methanol independent induction in Pichia pastoris by simple derepressed overexpression of single transcription factors

Vogl, T., Sturmberger, L., Fauland, P. C., Hyden, P., Fischer, J. E., Schmid, C., Thallinger, G. G., Geier, M. & Glieder, A., 1 Apr 2018, in : Biotechnology and Bioengineering. 115, 4, S. 1037-1050

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Transcription factors
Pichia
Methanol
Transcription Factors
Carbon

Myristic acid induces proteomic and secretomic changes associated with steatosis, cytoskeleton remodeling, endoplasmic reticulum stress, protein turnover and exosome release in HepG2 cells

Speziali, G., Liesinger, L., Gindlhuber, J., Leopold, C., Pucher, B., Brandi, J., Castagna, A., Tomin, T., Krenn, P., Thallinger, G. G., Olivieri, O., Martinelli, N., Kratky, D., Schittmayer, M., Birner-Gruenberger, R. & Cecconi, D., 15 Jun 2018, in : Journal of proteomics. 181, S. 118-130

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Exosomes
Endoplasmic Reticulum Stress
Hep G2 Cells
Myristic Acid
Heat-Shock Proteins

Phylogenomics uncovers early hybridization and adaptive loci shaping the radiation of Lake Tanganyika cichlid fishes

Irisarri, I., Singh, P., Koblmüller, S., Torres-Dowdall, J., Henning, F., Franchini, P., Fischer, C., Lemmon, A. R., Lemmon, E. M., Thallinger, G. G., Sturmbauer, C. & Meyer, A., 8 Aug 2018, in : Nature Communications. 9, 1, 3159.

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Cichlids
Tanzania
fishes
loci
Lakes

The mitochondrial genome of the oribatid mite Paraleius leontonychus: new insights into tRNA evolution and phylogenetic relationships in acariform mites

Schäffer, S., Koblmüller, S., Klymiuk, I. & Thallinger, G. G., 15 Mai 2018, in : Scientific reports. 8, 1, 7558.

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Mitochondrial Genome
Mites
Transfer RNA
RNA, Transfer, Gly
RNA, Transfer, Tyr
2017

Critical Issues in Mycobiota Analysis

Halwachs, B., Madhusudhan, N., Krause, R., Nilsson, R. H., Moissl-Eichinger, C., Högenauer, C., Thallinger, G. G. & Gorkiewicz, G., 2017, in : Frontiers in Microbiology . 8, 180.

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Microbiota
Computational Biology
Fungal Genes
rRNA Genes
Computer Simulation

Deciphering lipid structures based on platform-independent decision rules

Hartler, J., Triebl, A., Ziegl, A., Trötzmüller, M., Rechberger, G. N., Zeleznik, O. A., Zierler, K. A., Torta, F., Cazenave-Gassiot, A., Wenk, M. R., Fauland, A., Wheelock, C. E., Armando, A. M., Quehenberger, O., Zhang, Q., Wakelam, M. JO., Haemmerle, G., Spener, F., Köfeler, H. C. & Thallinger, G. G., 1 Dez 2017, in : Nature methods. 14, 12, S. 1171-1174

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Lipids
Mass spectrometry
Software reliability
Tandem Mass Spectrometry
Chromatography

Enzyme discovery beyond homology: a unique hydroxynitrile lyase in the Bet v1 superfamily

Lanfranchi, E., Pavkov-Keller, T., Koehler, E-M., Diepold, M., Steiner, K., Darnhofer, B., Hartler, J., Van Den Bergh, T., Joosten, H-J., Gruber-Khadjawi, M., Thallinger, G. G., Birner-Gruenberger, R., Gruber, K., Winkler, M. & Glieder, A., 10 Mai 2017, in : Scientific reports. 7, 46738.

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Open Access
mandelonitrile lyase
Enzymes
Biocatalysis
Ferns
Crystallography

Erratum: Enzyme discovery beyond homology: a unique hydroxynitrile lyase in the Bet v1 superfamily

Lanfranchi, E., Pavkov-Keller, T., Koehler, E-M., Diepold, M., Steiner, K., Darnhofer, B., Hartler, J., Bergh, T. V. D., Joosten, H-J., Gruber-Khadjawi, M., Thallinger, G. G., Birner-Gruenberger, R., Gruber, K., Winkler, M. & Glieder, A., 26 Mai 2017, in : Scientific reports. 7, 46834.

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Open Access
mandelonitrile lyase
Enzymes

Human germ/stem cell-specific gene TEX19 influences cancer cell proliferation and cancer prognosis

Planells-Palop, V., Hazazi, A., Feichtinger, J., Jezkova, J., Thallinger, G., Alsiwiehri, N. O., Almutairi, M., Parry, L., Wakeman, J. A. & McFarlane, R. J., 26 Apr 2017, in : Molecular Cancer. 16, 1, 84.

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Germ Cells
Stem Cells
Cell Proliferation
Genes
Neoplasms

MetExtract II: A Software Suite for Stable Isotope-Assisted Untargeted Metabolomics

Bueschl, C., Kluger, B., Neumann, N. K. N., Doppler, M., Maschietto, V., Thallinger, G. G., Meng-Reiterer, J., Krska, R. & Schuhmacher, R., 5 Sep 2017, in : Analytical Chemistry. 89, 17, S. 9518-9526

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Metabolites
Isotopes
Mass spectrometry
Liquid chromatography
Labeling

NR4A3 Suppresses Lymphomagenesis through Induction of Proapoptotic Genes

Deutsch, A. J. A., Rinner, B., Pichler, M., Prochazka, K., Pansy, K., Bischof, M., Fechter, K., Hatzl, S., Feichtinger, J., Wenzl, K., Frisch, M-T., Stiegelbauer, V., Prokesch, A., Krogsdam, A., Sill, H., Thallinger, G. G., Greinix, H. T., Wang, C., Beham-Schmid, C. & Neumeister, P., 1 Mai 2017, in : Cancer Research. 77, 9, S. 2375-2386

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Lymphoma
Genes
Neoplasms
Nuclear Receptor Subfamily 4, Group A, Member 1
Puma

The Human Gastric Microbiome Is Predicated upon Infection with Helicobacter pylori

Klymiuk, I., Bilgilier, C., Stadlmann, A., Thannesberger, J., Kastner, M-T., Högenauer, C., Püspök, A., Biowski-Frotz, S., Schrutka-Kölbl, C., Thallinger, G. G. & Steininger, C., 14 Dez 2017, in : Frontiers in Microbiology . 8, 2508.

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Microbiota
Helicobacter pylori
Stomach
Infection
Helicobacter Infections
2016

A Toolbox of Diverse Promoters Related to Methanol Utilization: Functionally Verified Parts for Heterologous Pathway Expression in Pichia pastoris

Vogl, T., Sturmberger, L., Kickenweiz, T., Wasmayer, R., Schmid, C., Hatzl, A-M., Gerstmann, M. A., Pitzer, J., Wagner, M., Thallinger, G. G., Geier, M. & Glieder, A., 19 Feb 2016, in : ACS Synthetic Biology . 5, 2, S. 172-86 15 S.

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Pichia
Methanol
alcohol oxidase
Genes
Biosynthetic Pathways

Characterisation of Candida within the Mycobiome/Microbiome of the Lower Respiratory Tract of ICU Patients

Krause, R., Halwachs, B., Thallinger, G., Klymiuk, I., Gorkiewicz, G., Hoenigl, M., Prattes, J., Valentin, T., Heidrich, K., Buzina, W., Salzer, H. J. F., Rabensteiner, J., Prüller, F., Raggam, R. B., Meinitzer, A., Moissl-Eichinger, C., Högenauer, C., Quehenberger, F., Kashofer, K. & Zollner-Schwetz, I., 20 Mai 2016, in : PLoS ONE. 11, 5, S. e0155033 e0155033.

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Intensive care units
Candida
Microbiota
respiratory system
Respiratory System

Comprehensive genome and epigenome characterization of CHO cells in response to evolutionary pressures and over time

Feichtinger, J., Hernández, I., Fischer, C., Hanscho, M., Auer, N., Hackl, M., Jadhav, V., Baumann, M., Krempl, P. M., Schmidl, C., Farlik, M., Schuster, M., Merkel, A., Sommer, A., Heath, S., Rico, D., Bock, C., Thallinger, G. G. & Borth, N., Okt 2016, in : Biotechnology and Bioengineering. 113, 10, S. 2241-53 13 S.

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CHO Cells
Genes
Genome
DNA Methylation
Pressure

Curation of the genome annotation of Pichia pastoris (Komagataella phaffii) CBS7435 from gene level to protein function

Valli, M., Tatto, N. E., Peymann, A., Gruber, C., Landes, N., Ekker, H., Thallinger, G. G., Mattanovich, D., Gasser, B. & Graf, A. B., Sep 2016, in : FEMS yeast research. 16, 6, fow051.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Pichia
Open Reading Frames
Genome
Molecular Sequence Annotation
Genes

Dimension reduction techniques for the integrative analysis of multi-omics data

Meng, C., Zeleznik, O. A., Thallinger, G. G., Küster, B., Gholami, A. M. & Culhane, A. C., Jul 2016, in : Briefings in Bioinformatics. 17, 4, S. 628-41 14 S.

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Data integration
Biological systems
Throughput
Proteomics
Technology

Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA

Ulz, P., Thallinger, G. G., Auer, M., Graf, R., Kashofer, K., Jahn, S. W., Abete, L., Pristauz, G., Petru, E., Geigl, J. B., Heitzer, E. & Speicher, M. R., Okt 2016, in : Nature genetics. 48, 10, S. 1273-8 6 S.

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DNA Sequence Analysis
Genome
DNA
Nucleosomes
Genes

Molecular profiling of phagocytic immune cells in Anopheles gambiae reveals integral roles for hemocytes in mosquito innate immunity

Smith, R. C., King, J. G., Tao, D., Zeleznik, O. A., Brando, C., Thallinger, G. G. & Dinglasan, R. R., 13 Sep 2016, in : Molecular & cellular proteomics.

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Anopheles gambiae
Hemocytes
Phagocytes
Culicidae
Innate Immunity

Translin and Trax differentially regulate telomere-associated transcript homeostasis

Gomez-Escobar, N., Almobadel, N., Alzahrani, O., Feichtinger, J., Planells-Palop, V., Alshehri, Z., Thallinger, G. G., Wakeman, J. A. & McFarlane, R. J., 7 Jun 2016, in : OncoTarget . 7, 23, S. 33809-20 12 S.

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Telomere
Homeostasis
Schizosaccharomyces pombe Proteins
Biological Phenomena
Heterochromatin
2015

ATGL and CGI-58 are lipid droplet proteins of the hepatic stellate cell line HSC-T6

Eichmann, T., Grumet, L., Taschler, U., Hartler, J., Heier, C., Woblistin, A., Pajed, L., Kollroser, M., Rechberger, G., Thallinger, G. G., Zechner, R., Haemmerle, G., Zimmermann, R. & Lass, A., 2015, in : Journal of lipid research. S. 1972-1984

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miR-199a and miR-497 Are Associated with Better Overall Survival due to Increased Chemosensitivity in Diffuse Large B-Cell Lymphoma Patients.

Troppan, K., Wenzl, K., Pichler, M., Pursche, B., Schwarzenbacher, D., Feichtinger, J., Thallinger, G., Beham-Schmid, C., Neumeister, P. & Deutsch, A. J., 2015, in : International Journal of Molecular Sciences . 16, 8, S. 18077-18095

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Restoration of female fertility in Trichoderma reesei QM6a provides the basis for inbreeding

Linke, R., Thallinger, G., Haarmann, T., Eidner, J., Schreiter, M., Lorenz, P., Seiboth, B. & Kubicek, C. P., 2015, in : Biotechnology for Biofuels . 8, S. 155-155

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2014

A novel stable isotope labelling assisted workflow for improved untargeted LC-HRMS based metabolomics research

Bueschl, C., Kluger, B., Lemmens, M., Adam, G., Wiesberger, G., Maschietto, V., Marocco, A., Strauss, J., Bödi, S., Thallinger, G., Krska, R. & Schuhmacher, R., 2014, in : Metabolomics. 10, 4, S. 754-769

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A physicians' wish list for the clinical application of intestinal metagenomics

Klymiuk, I., Högenauer, C., Halwachs, B., Thallinger, G., Fricke, F. W. & Steininger, C., 2014, in : PLoS medicine. 11, 4, S. e1001627-e1001627

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Assessment of lipidomic species in hepatocyte lipid droplets from stressed mouse models

Hartler, J., Köfeler, H., Trötzmüller, M., Thallinger, G. & Spener, F., 2014, in : Scientific Data . 1, 140051, S. 1-12

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Comparative Genome Analysis of Campylobacter fetus Subspecies Revealed Horizontally Acquired Genetic Elements Important for Virulence and Niche Specificity

Kienesberger, S., Sprenger, H., Wolfgruber, S., Halwachs, B., Thallinger, G., Perez-Perez, G. I., Blaser, M. J., Zechner, E. & Gorkiewicz, G., 2014, in : PLoS ONE. 9, 1, S. e85491-e85491

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Enhanced whole genome sequence and annotation of Clostridium stercorarium DSM8532T using RNA-seq transcriptomics and high-throughput proteomics

Schellenberg, J. J., Verbeke, T. J., McQueen, P., Krokhin, O. V., Zhang, X., Alvare, G., Fristensky, B., Thallinger, G., Henrissat, B., Wilkins, J. A., Levin, D. B. & Sparling, R., 2014, in : BMC Genomics . 15, 1, S. 567-567

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Finished Genome Sequence of Escherichia coli K-12 Strain HMS174 (ATCC 47011)

Mairhofer, J., Krempl, P., Thallinger, G. & Striedner, G., 2014, in : Genome Announcements. 2, 6, S. e00975-14-e00975-14

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Finished Genome Sequence of the Laboratory Strain Escherichia coli K-12 RV308 (ATCC 31608).

Krempl, P., Mairhofer, J., Striedner, G. & Thallinger, G., 2014, in : Genome Announcements. 2, 6, S. e00971-14-e00971-14

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Integrative omics analysis. A study based on Plasmodium falciparum mRNA and protein data.

Tomescu, O. A., Mattanovich, D. & Thallinger, G., 2014, in : BMC Systems Biology. 8, Suppl. 2, S. S4-S4

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

NR4A1-mediated apoptosis supresses lymphomagenesis and is associated with a favorable cancer specific survival in patients with aggressive B-cell lymphomas

Deutsch, A., Rinner, B., Wenzl, K., Pichler, M., Troppan, K., Steinbauer, E., Schwarzenbacher, D., Reitter, S., Feichtinger, J., Tierling, S., Prokesch, A., Scheideler, M., Krogsdam, A., Thallinger, G., Schaider, H., Beham-Schmid, C. & Neumeister, P., 2014, in : Blood. 123, 15, S. 2367-2377

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Peroxidase gene discovery from the horseradish transcriptome

Näätsaari, L., Krainer, F., Schubert, M., Glieder, A. & Thallinger, G., 2014, in : BMC Genomics . 15, 1, S. 227-227

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Resolving tumor heterogeneity: genes involved in chordoma cell development identified by low-template analysis of morphologically distinct cells

El-Heliebi, A., Kroneis, T., Wagner, K., Meditz, K., Kolb, D., Feichtinger, J., Thallinger, G., Quehenberger, F., Liegl-Atzwanger, B. & Rinner, B., 2014, in : PLoS ONE. 9, 2, S. e87663-e87663

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Stenotrophomonas comparative genomics reveals genes and functions that differentiate beneficial and pathogenic bacteria

Alavi, M., Starcher, M., Thallinger, G., Zachow, C., Müller, H. & Berg, G., 2014, in : BMC Genomics . 151, S. 482-482

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

The mzTab Data Exchange Format: communicating MS-based proteomics and metabolomics experimental results to a wider audience

Griss, J., Jones, A. R., Sachsenberg, T., Walzer, M., Laurent, G., Hartler, J., Thallinger, G., Salek, R. M., Steinbeck, C., Nadin, N., Cox, J., Neumann, S., Fan, J., Reisinger, F., Qing-Wei, X., del Toro, N., Perez-Riverol, Y., Ghali, F., Bandeira, N., Xenarios, I. &3 mehrKohlbacher, O., Vizcaino, J. A. & Henning, H., 2014, in : Molecular & cellular proteomics. 13, 10, S. 2765-2775

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Open Access
Datei

The Sphagnum microbiome supports bog ecosystem functioning under extreme conditions.

Bragina, A., Oberauner-Wappis, L., Zachow, C., Halwachs, B., Thallinger, G., Müller, H. & Berg, G., 2014, in : Molecular ecology. 23, 18, S. 4489-4851

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Towards improved membrane protein production in Pichia pastoris: general and specific transcriptional response to membrane protein overexpression

Vogl, T., Thallinger, G., Zellnig, G., Drew, D., Cregg, J., Glieder, A. & Freigaßner, M. E., 2014, in : New biotechnology. 31, 6, S. 538-552

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Untargeted profiling of tracer-derived metabolites using stable isotopic labeling and fast polarity-switching LC-ESI-HRMS

Kluger, B., Bueschl, C., Neumann, N., Stückler, R., Doppler, M., Chassy, A. W., Waterhouse, A. L., Rechthaler, J., Kampleitner, N., Thallinger, G., Adam, G., Krska, R. & Schuhmacher, R., 2014, in : Analytical Chemistry. 86, 23, S. 11533-11537

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2013

A Bioinformatics Approach for Integrated Transcriptomic and Proteomic Comparative Analyses of Model and Non-sequenced Anopheline Vectors of Human Malaria Parasites.

Ubaida Mohien, C., Colquhoun, D., Mathias, D., Gibbons, J., Armistead, J., Rodriguez, M., Rodriguez, M., Edwards, N., Hartler, J., Thallinger, G., Graham, D., Martinez-Barnetche, J., Rokas, A. & Dinglasan, R., 2013, in : Molecular & cellular proteomics. 12, 1, S. 120-131

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Open Access
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Alterations in the colonic microbiota in response to osmotic diarrhea

Gorkiewicz, G., Thallinger, G., Trajanoski, S., Lackner, S., Stocker, G., Hinterleitner, T., Gülly, C. & Högenauer, C., 2013, in : PLoS ONE. 8, 2, S. e55817-

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