Gerhard Thallinger

Dipl.-Ing. Dr.techn.

20002020
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Forschungsoutput 2000 2019

(Altdaten) Vortrag oder Präsentation

ArrayNorm: A versatile Java tool for microarray normalization, Molecular medicine beyond differentially expressed genes: Systematic approaches and mathematical modeling

Pieler, R., Sánchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G., Molidor, R. & Trajanoski, Z., 5 Dez 2003.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

ArrayNorm: A versatile Java tool for microarray normalization.

Pieler, R., Sánchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G. & Trajanoski, Z., 1 Jul 2004.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Campylobacter fetus subspecies as Model Organisms for Studying Niche and Host Adaptations

Sprenger, H., Kienesberger, S., Thallinger, G., Gorkiewicz, G. & Zechner, E. L., 8 Feb 2013.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Comparison of Osmotic Conditions Based on Integrative Analysis Methods

Tomescu, O. A., Dragosits, M., Graf, A., Gasser, B., Mattanovich, D. & Thallinger, G., 13 Feb 2013.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Comparison of Osmotic Conditions Based on Integrative Analysis Methods for Omics Data

Tomescu, O. A., Dragosits, M., Graf, A., Gasser, B., Mattanovich, D. & Thallinger, G., 24 Sep 2012.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Database of Protein Protein Interactions in Crystals

Steinkellner, G., Gruber, K., Jorde, M., Rader, R., Thallinger, G., Kratky, C. & Trajanoski, Z., 8 Nov 2004.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Deriving patterns of gastrointestinal dysbiosis

Halwachs, B., Högenauer, C., Thallinger, G. & Gorkiewicz, G., 10 Jun 2015.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Development of a web based mass spectrometry analysis system.

Hartler, J., Fuchs, T., Thallinger, G., Morandell, S., Huber, LA., Mechtler, K. & Trajanoski, Z., 12 Nov 2004.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Ecology, diversity and ecosystem functioning of Sphagnum-dominated bog microbiome.

Bragina, A., Oberauner-Wappis, L., Berg, C., Zachow, C., Halwachs, B., Thallinger, G., Müller, H. & Berg, G., 14 Jun 2014.

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Genomic sequencing of two members of the eco-morphologically diverse cichlid tribe Tropheini

Sturmbauer, C., Gülly, C., Schlötterer, C., Trajanoski, S., Fischer, C. & Thallinger, G., 21 Sep 2012.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

High resolution CCD scanner for cDNA microarray analysis.

Hackl, H., Thallinger, G., Wach, P., Leberl, F. & Trajanoski, Z., 17 Jan 2000.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Hydroxynitrile lyase from fern: A Unique Biocatalyst

Lanfranchi, E., Winkler, M., Pavkov-Keller, T., Köhler, E-M., Diepold, M., Darnhofer, B., Steiner, K., Thallinger, G., Birner-Grünberger, R., Van Pelt, S., Gruber, K. & Glieder, A., 21 Sep 2015.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Integrative Analysis of OMICS Data

Thallinger, G., 12 Dez 2016.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

JAVA-based microarray image analysis tool

Molidor, R., Hackl, H., Maurer, M., Thallinger, G., Wach, P. & Trajanoski, Z., 24 Jan 2001.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

LDA 2 - flexible lipid identification for LC-MSn data

Hartler, J., Triebl, A., Trötzmüller, M., Ziegl, A., Köfeler, H. & Thallinger, G., 22 Sep 2014.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Lipid Data Analyzer: Application for Automated Identification and Quantitation of LC-MS Data

Hartler, J., Trötzmüller, M., Köfeler, H., Spener, F. & Thallinger, G., 26 Apr 2010.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Lipid Data Analyzer: Application for the automated identification and quantitation of LC-MS data

Hartler, J., Trötzmüller, M., Köfeler, H. & Thallinger, G., 18 Jan 2010.

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Lipid Data Analyzer: automated identification and quantitation of lipid species in LC-MS data

Hartler, J., Trötzmüller, M., Fauland, A., Chitraju, C., Spener, F., Köfeler, H. & Thallinger, G., 6 Mär 2012.

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Lipid Data Analyzer: Automated Identification of Lipid Structures in High-Throughput LC-MSn Data

Thallinger, G., 31 Mär 2016.

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Throughput
Lipids
Fatty Acids
Mass spectrometers
Graphical user interfaces

Lipid Data Analyzer: unattended identification and quantitation of lipids in LC‐MS data

Hartler, J., Trötzmüller, M., Chitraju, C., Spener, F., Köfeler, H. & Thallinger, G., 21 Sep 2012.

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Management and Analysis of Proteomics LC-MS/MS Data

Hartler, J., Thallinger, G., Stocker, G., Sturn, A., Burkard, T., Körner, E., Mechtler, K. & Trajanoski, Z., 28 Jan 2007.

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MARS: Microarray Analysis and Retrieval System

Molidor, R., Sturn, A., Maurer, M., Thallinger, G., Pieler, R., Rainer, J., Mlecnik, B., Truskaller, T., Zeller, D., Trost, E., Sánchez Cabo, F., Hackl, H. & Trajanoski, Z., 27 Jan 2005.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

MARS: Microarray Analysis and Retrieval System

Sturn, A., Maurer, M., Molidor, R., Pieler, R., Rainer, J., Mlecnik, B., Truskaller, T., Zeller, D., Trost, E., Sánchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G. & Trajanoski, Z., 8 Nov 2004.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

MARS: Microarray Analysis and Retrieval System. Biological Discovery Using Diverse High-Throughput Data

Sturn, A., Maurer, M., Molidor, R., Pieler, R., Rainer, J., Mlecnik, B., Truskaller, T., Zeller, D., Trost, E., Sánchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G. & Trajanoski, Z., 20 Mär 2004.

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MARS: Microarray Analysis and Retrieval System. „Bytes & Genes“

Molidor, R., Sturn, A., Maurer, M., Thallinger, G., Pieler, R., Sánchez Cabo, F., Hackl, H. & Trajanoski, Z., 14 Nov 2005.

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MASPECTRAS:Web-based System for Storage, Retrieval, and Analysis of Proteomic LC MS/MS Data.

Hartler, J., Thallinger, G., Stocker, G., Sturn, A., Burkard, T., Körner, E., Fuchs, T., Mechtler, K. & Trajanoski, Z., 29 Aug 2005.

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MASPECTRAS:Web-based System for Storage, Retrieval, Quantification and Analysis of Proteomic LC MS/MS Data

Hartler, J., Thallinger, G., Stocker, G., Sturn, A., Burkard, T., Körner, E., Fuchs, T., Mechtler, K. & Trajanoski, Z., 16 Jan 2006.

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MASPECTRAS: Web-basiertes Datenbanksystem zur Verwaltung von Proteomik-Daten

Hartler, J., Thallinger, G., Sturn, A., Burkard, T., Körner, E., Fuchs, T., Mechtler, K. & Trajanoski, Z., 1 Okt 2005.

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Metagenomics to explore the ecology and biotechnological potential of the Alpine bog microbiome

Oberauner, L., Zachow, C., Müller, H., Thallinger, G., Bragina, A. & Berg, G., 17 Sep 2012.

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PPIX- A Database of Protein Protein Interactions in Crystals

Steinkellner, G., Gruber, K., Jorde, M., Rader, R., Thallinger, G. & Kratky, C., 1 Jul 2004.

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The Mutein Database (MutDB)

Thallinger, G., Guggemos, M., Zach, S., Rabin, V., Schittmayer, M. & Glieder, A., 23 Jul 2006.

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The Yeast Protein Localization Database

Kals, M., Natter, K., Habeler, G., Thallinger, G., Trajanoski, Z. & Kohlwein, SD., 21 Sep 2003.

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TMA db: Verwaltung und Analyse von Tissue Microarray Daten

Thallinger, G., Pirklbauer, M., Uray, M., Pauritsch, E., Buck, CK., Zatloukal, K. & Trajanoski, Z., 12 Nov 2004.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Transcriptomics-based engineering of Pichia pastoris for improved production of eukaryotic membrane proteins

Freigaßner, M. E., Thallinger, G., Drew, D., Pichler, H., Cregg, J. & Glieder, A., 18 Okt 2009.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

YPL.db: A web archive for protein localization data from yeast

Habeler, G., Natter, K., Thallinger, G., Wach, P., Trajanoski, Z. & Kohlwein, SD., 26 Aug 2001.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

YPL.db - The Yeast Protein Localization Database.

Kals, M., Natter, K., Habeler, G., Thallinger, G., Wach, P., Trajanoski, Z. & Kohlwein, SD., 7 Jul 2003.

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Artikel

A Bioinformatics Approach for Integrated Transcriptomic and Proteomic Comparative Analyses of Model and Non-sequenced Anopheline Vectors of Human Malaria Parasites.

Ubaida Mohien, C., Colquhoun, D., Mathias, D., Gibbons, J., Armistead, J., Rodriguez, M., Rodriguez, M., Edwards, N., Hartler, J., Thallinger, G., Graham, D., Martinez-Barnetche, J., Rokas, A. & Dinglasan, R., 2013, in : Molecular & cellular proteomics. 12, 1, S. 120-131

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Open Access
Datei

A Comprehensive FXR Signaling Atlas Derived from Pooled ChIP-seq Data

Jungwirth, E., Panzitt, K., Marschall, H-U., Wagner, M. & Thallinger, G. G., 2019, in : Studies in health technology and informatics. 260, S. 105-112 8 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access
Atlases
Transcription factors
Binding sites
Gene expression
Liver

A concise review of significantly modified serological biomarkers in giant cell arteritis, as detected by different methods

Burja, B., Kuret, T., Sodin-Semrl, S., Lakota, K., Rotar, Ž., Ješe, R., Mrak-Poljšak, K., Žigon, P., Thallinger, G. G., Feichtinger, J., Čučnik, S., Tomšič, M., Praprotnik, S. & Hočevar, A., 1 Feb 2018, in : Autoimmunity Reviews. 17, 2, S. 188-194

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Giant Cell Arteritis
Biomarkers
Arteries
Systemic Vasculitis
Acute-Phase Proteins

Alterations in the colonic microbiota in response to osmotic diarrhea

Gorkiewicz, G., Thallinger, G., Trajanoski, S., Lackner, S., Stocker, G., Hinterleitner, T., Gülly, C. & Högenauer, C., 2013, in : PLoS ONE. 8, 2, S. e55817-

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A novel stable isotope labelling assisted workflow for improved untargeted LC-HRMS based metabolomics research

Bueschl, C., Kluger, B., Lemmens, M., Adam, G., Wiesberger, G., Maschietto, V., Marocco, A., Strauss, J., Bödi, S., Thallinger, G., Krska, R. & Schuhmacher, R., 2014, in : Metabolomics. 10, 4, S. 754-769

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A physicians' wish list for the clinical application of intestinal metagenomics

Klymiuk, I., Högenauer, C., Halwachs, B., Thallinger, G., Fricke, F. W. & Steininger, C., 2014, in : PLoS medicine. 11, 4, S. e1001627-e1001627

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ArrayNorm: comprehensive normalization and analysis of microarray data.

Pieler, R., Sanchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G. & Trajanoski, Z., 2004, in : Bioinformatics. 20, 12, S. 1971-1973

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A Sequence Based Validation of Gene Expression Microarray Data

Thallinger, G., Obermayr, E., Charoentong, P., Tong, D., Trajanoski, Z. & Zeillinger, R., 2012, in : American journal of bioinformatics. 1, 1, S. 1-9

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A sequence comparison and gene expression data integration add-on for the Pathway Tools software

Krempl, P., Mairhofer, J., Striedner, G. & Thallinger, G., 2012, in : Bioinformatics. 28, 17, S. 2283-2284

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Assessment of lipidomic species in hepatocyte lipid droplets from stressed mouse models

Hartler, J., Köfeler, H., Trötzmüller, M., Thallinger, G. & Spener, F., 2014, in : Scientific Data . 1, 140051, S. 1-12

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ATGL and CGI-58 are lipid droplet proteins of the hepatic stellate cell line HSC-T6

Eichmann, T., Grumet, L., Taschler, U., Hartler, J., Heier, C., Woblistin, A., Pajed, L., Kollroser, M., Rechberger, G., Thallinger, G. G., Zechner, R., Haemmerle, G., Zimmermann, R. & Lass, A., 2015, in : Journal of lipid research. S. 1972-1984

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A Toolbox of Diverse Promoters Related to Methanol Utilization: Functionally Verified Parts for Heterologous Pathway Expression in Pichia pastoris

Vogl, T., Sturmberger, L., Kickenweiz, T., Wasmayer, R., Schmid, C., Hatzl, A-M., Gerstmann, M. A., Pitzer, J., Wagner, M., Thallinger, G. G., Geier, M. & Glieder, A., 19 Feb 2016, in : ACS Synthetic Biology . 5, 2, S. 172-86 15 S.

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Pichia
Methanol
alcohol oxidase
Genes
Biosynthetic Pathways

Autoimmune response following influenza vaccination

Perdan-Pirkmajer, K., Thallinger, G., Snoj, N., Cucnik, S., Žigon, P., Kveder, T., Logar, D., Praprotnik, S., Tomsic, M., Sodin-Semrl, S. & Ambrozic, A., 2012, in : Lupus. 21, 2, S. 175-183

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Bioinformatics tools and challenges in structural analysis of lipidomics MS/MS data

Hartler, J., Tharakan, R., Köfeler, H., Graham, D. & Thallinger, G., 2013, in : Briefings in Bioinformatics. 14, 3, S. 375-390

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung