Gerhard Thallinger

Dipl.-Ing. Dr.techn.

20002020
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Forschungsoutput 2000 2019

10th Austrian Proteomic Research Symposium - Special Focus on Functional Proteomics

Hartler, J. (Hrsg.), Birner-Grünberger, R. (Hrsg.), Gesslbauer, B. (Hrsg.) & Thallinger, G. (Hrsg.), 2012, .

Publikation: Buch/Bericht/KonferenzbandBuch (Herausgeberwerk)Forschung

A Bioinformatics Approach for Integrated Transcriptomic and Proteomic Comparative Analyses of Model and Non-sequenced Anopheline Vectors of Human Malaria Parasites.

Ubaida Mohien, C., Colquhoun, D., Mathias, D., Gibbons, J., Armistead, J., Rodriguez, M., Rodriguez, M., Edwards, N., Hartler, J., Thallinger, G., Graham, D., Martinez-Barnetche, J., Rokas, A. & Dinglasan, R., 2013, in : Molecular & cellular proteomics. 12, 1, S. 120-131

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access
Datei

A Comprehensive FXR Signaling Atlas Derived from Pooled ChIP-seq Data

Jungwirth, E., Panzitt, K., Marschall, H-U., Wagner, M. & Thallinger, G. G., 2019, in : Studies in health technology and informatics. 260, S. 105-112 8 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Open Access
Atlases
Transcription factors
Binding sites
Gene expression
Liver

A concise review of significantly modified serological biomarkers in giant cell arteritis, as detected by different methods

Burja, B., Kuret, T., Sodin-Semrl, S., Lakota, K., Rotar, Ž., Ješe, R., Mrak-Poljšak, K., Žigon, P., Thallinger, G. G., Feichtinger, J., Čučnik, S., Tomšič, M., Praprotnik, S. & Hočevar, A., 1 Feb 2018, in : Autoimmunity Reviews. 17, 2, S. 188-194

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Giant Cell Arteritis
Biomarkers
Arteries
Systemic Vasculitis
Acute-Phase Proteins

Admission To Intensive Care Units And Not Antibiotic Therapy Drives Lower Respiratory Tract Fungal Flora To Candida

Krause, R., Halwachs, B., Klymiuk, I., Gorkiewicz, G., Zollner-Schwetz, I., Hönigl, M., Valentin, T. & Thallinger, G., 2014.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Alterations in the colonic microbiota in response to osmotic diarrhea

Gorkiewicz, G., Thallinger, G., Trajanoski, S., Lackner, S., Stocker, G., Hinterleitner, T., Gülly, C. & Högenauer, C., 2013, in : PLoS ONE. 8, 2, S. e55817-

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Analysis of analytes

Hartler, J. & Thallinger, G., 30 Jul 2010, (Eingereicht) Patent Nr. AT S1547 EP

Publikation: SchutzrechtPatentForschung

A novel stable isotope labelling assisted workflow for improved untargeted LC-HRMS based metabolomics research

Bueschl, C., Kluger, B., Lemmens, M., Adam, G., Wiesberger, G., Maschietto, V., Marocco, A., Strauss, J., Bödi, S., Thallinger, G., Krska, R. & Schuhmacher, R., 2014, in : Metabolomics. 10, 4, S. 754-769

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A physicians' wish list for the clinical application of intestinal metagenomics

Klymiuk, I., Högenauer, C., Halwachs, B., Thallinger, G., Fricke, F. W. & Steininger, C., 2014, in : PLoS medicine. 11, 4, S. e1001627-e1001627

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

ArrayNorm: A versatile Java tool for microarray normalization, Molecular medicine beyond differentially expressed genes: Systematic approaches and mathematical modeling

Pieler, R., Sánchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G., Molidor, R. & Trajanoski, Z., 5 Dez 2003.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

ArrayNorm: A versatile Java tool for microarray normalization.

Pieler, R., Sánchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G. & Trajanoski, Z., 1 Jul 2004.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

ArrayNorm: comprehensive normalization and analysis of microarray data.

Pieler, R., Sanchez Cabo, F., Hackl, H., Thallinger, G. & Trajanoski, Z., 2004, in : Bioinformatics. 20, 12, S. 1971-1973

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A Sequence Based Validation of Gene Expression Microarray Data

Thallinger, G., Obermayr, E., Charoentong, P., Tong, D., Trajanoski, Z. & Zeillinger, R., 2012, in : American journal of bioinformatics. 1, 1, S. 1-9

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A sequence comparison and gene expression data integration add-on for the Pathway Tools software

Krempl, P., Mairhofer, J., Striedner, G. & Thallinger, G., 2012, in : Bioinformatics. 28, 17, S. 2283-2284

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Assessing the Efficiency of Dye-Swap Normalization to Remove Systematic Bias from Two-Color Microarray Data

Sanchez-Cabo, F., Prokesch, A., Thallinger, G., Pieler, R., Trajanoski, Z. & Wolkenhauer, O., 2004

Publikation: Nonprint-FormenWebseite / WebpublikationForschung

Assessment of lipidomic species in hepatocyte lipid droplets from stressed mouse models

Hartler, J., Köfeler, H., Trötzmüller, M., Thallinger, G. & Spener, F., 2014, in : Scientific Data . 1, 140051, S. 1-12

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

ATGL and CGI-58 are lipid droplet proteins of the hepatic stellate cell line HSC-T6

Eichmann, T., Grumet, L., Taschler, U., Hartler, J., Heier, C., Woblistin, A., Pajed, L., Kollroser, M., Rechberger, G., Thallinger, G. G., Zechner, R., Haemmerle, G., Zimmermann, R. & Lass, A., 2015, in : Journal of lipid research. S. 1972-1984

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

A Toolbox of Diverse Promoters Related to Methanol Utilization: Functionally Verified Parts for Heterologous Pathway Expression in Pichia pastoris

Vogl, T., Sturmberger, L., Kickenweiz, T., Wasmayer, R., Schmid, C., Hatzl, A-M., Gerstmann, M. A., Pitzer, J., Wagner, M., Thallinger, G. G., Geier, M. & Glieder, A., 19 Feb 2016, in : ACS Synthetic Biology . 5, 2, S. 172-86 15 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Pichia
Methanol
alcohol oxidase
Genes
Biosynthetic Pathways

Autoimmune response following influenza vaccination

Perdan-Pirkmajer, K., Thallinger, G., Snoj, N., Cucnik, S., Žigon, P., Kveder, T., Logar, D., Praprotnik, S., Tomsic, M., Sodin-Semrl, S. & Ambrozic, A., 2012, in : Lupus. 21, 2, S. 175-183

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Automated and Reliable Detection and Quantitation of Low Abundant Lipid Species and Other Metabolites in LC-MS Data

Hartler, J., Trötzmüller, M., Fauland, A., Büschl, C., Schuhmacher, R., Köfeler, H. & Thallinger, G., 2012.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Automated structural identification of metabolites by a generic spectra description language utilizing MSn spectra

Hartler, J. & Thallinger, G., 19 Sep 2014, (Eingereicht)

Publikation: SchutzrechtPatentForschung

Bioinformatic Analysis of FXR related ChIP-seq data

Panzitt, K., Wagner, M. & Thallinger, G., 27 Nov 2018.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschungBegutachtung

Bioinformatic Analysis of FXR related ChIP-seq data

Panzitt, K., Wagner, M. & Thallinger, G., Sep 2018.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschungBegutachtung

Bioinformatic Analysis of FXR related ChIP-seq data

Panzitt, K., Wagner, M. & Thallinger, G., Aug 2018.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschungBegutachtung

Bioinformatics tools and challenges in structural analysis of lipidomics MS/MS data

Hartler, J., Tharakan, R., Köfeler, H., Graham, D. & Thallinger, G., 2013, in : Briefings in Bioinformatics. 14, 3, S. 375-390

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Campylobacter fetus subspecies as Model Organisms for Studying Niche and Host Adaptations

Sprenger, H., Kienesberger, S., Thallinger, G., Gorkiewicz, G. & Zechner, E. L., 8 Feb 2013.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Candida Colonization of the Lower Respiratory Tract Investigated by Conventional Culture and Fungal Microbiome Analysis

Krause, R., Halwachs, B., Klymiuk, I., Gorkiewicz, G., Zollner-Schwetz, I., Valentin, T., Hönigl, M. & Thallinger, G., 2014.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Characterisation of Candida within the Mycobiome/Microbiome of the Lower Respiratory Tract of ICU Patients

Krause, R., Halwachs, B., Thallinger, G., Klymiuk, I., Gorkiewicz, G., Hoenigl, M., Prattes, J., Valentin, T., Heidrich, K., Buzina, W., Salzer, H. J. F., Rabensteiner, J., Prüller, F., Raggam, R. B., Meinitzer, A., Moissl-Eichinger, C., Högenauer, C., Quehenberger, F., Kashofer, K. & Zollner-Schwetz, I., 20 Mai 2016, in : PLoS ONE. 11, 5, S. e0155033 e0155033.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Intensive care units
Candida
Microbiota
respiratory system
Respiratory System

Chordoma Low-Template Microarray Analysis

Feichtinger, J., El-Heliebi, A., Kroneis, T., Wagner, K., Liegl-Atzwanger, B., Leithner, A., Thallinger, G. & Rinner, B., 2013, (Angenommen/In Druck) Biomedizinische Technik / Biomedical Engineering. Walter de Gruyter (WdG)

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/KonferenzbandBeitrag in einem KonferenzbandForschungBegutachtung

CODI-STRAT – An Interdisciplinary Network Geared towards Sustainable Management of Chronic and Infective Diseases

Sodin-Semrl, S., Lakota, K. & Thallinger, G., 2011, Proceedings of the 12th International Conference, 23–26. ., S. 237-255

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/KonferenzbandBeitrag in einem KonferenzbandForschungBegutachtung

Comparative Genome Analysis of Campylobacter fetus Subspecies Revealed Horizontally Acquired Genetic Elements Important for Virulence and Niche Specificity

Kienesberger, S., Sprenger, H., Wolfgruber, S., Halwachs, B., Thallinger, G., Perez-Perez, G. I., Blaser, M. J., Zechner, E. & Gorkiewicz, G., 2014, in : PLoS ONE. 9, 1, S. e85491-e85491

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Comparison and evaluation of integrative methods for the analysis of multilevel omics data: a study based on simulated and experimental cancer data

Pucher, B. M., Zeleznik, O. A. & Thallinger, G. G., 25 Mär 2019, in : Briefings in Bioinformatics. 20, 2, S. 671-681

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Multilevel Analysis
Microarrays
Factorization
Data mining
Neoplasms

Comparison of microbial community profiles

Halwachs, B., Fickert, P., Trauner, M., Gorkiewicz, G., Pollheimer, M., Högenauer, C. & Thallinger, G., 2013.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Comparison of Osmotic Conditions Based on Integrative Analysis Methods

Tomescu, O. A., Dragosits, M., Graf, A., Gasser, B., Mattanovich, D. & Thallinger, G., 13 Feb 2013.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Comparison of Osmotic Conditions Based on Integrative Analysis Methods for Omics Data

Tomescu, O. A., Dragosits, M., Graf, A., Gasser, B., Mattanovich, D. & Thallinger, G., 24 Sep 2012.

Publikation: Konferenzbeitrag(Altdaten) Vortrag oder PräsentationForschung

Comparison of Osmotic Conditions Based on Integrative Analysis Methods for Omics Data

Tomescu, O. A., Dragosits, M., Graf, A., Gasser, B., Mattanovich, D. & Thallinger, G., 2012, 10th Austrian Proteomic Research Symposium (APRS) - Special Focus on Functional Proteomics. ., S. 9-9

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/KonferenzbandBeitrag in einem KonferenzbandForschungBegutachtung

Comparison of Osmotic Conditions Based on Integrative Analysis Methods for -omics Data

Tomescu, O. A., Dragosits, M., Graf, A., Gasser, B., Mattanovich, D. & Thallinger, G., 2012.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Comparison of tear proteome in allergic rhinoconjunctivitis patients and controls with respect to pollen season

Tomazic, P. V., Liesinger, L., Pucher, B., Thallinger, G. G., Leitner, A., Spoerk, S., Gerstenberger, C., Lang-Loidolt, D. & Birner-Gruenberger, R., Jul 2018, in : Allergy. 73, 7, S. 1541-1543

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Complete Genome Sequence of the Sugar Beet Endophyte Pseudomonas poae RE*1-1-14: a Disease-Suppressive Bacterium

Müller, H., Zachow, C., Alavi, M., Tilcher, R., Krempl, P., Thallinger, G. & Berg, G., 2013, in : Genome Announcements. 1, 2, S. e00020-13-

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Complete mitochondrial DNA sequences of the threadfin cichlid (Petrochromis trewavasae) and the blunthead cichlid (Tropheus moorii) and patterns of mitochondrial genome evolution in cichlid fishes.

Fischer, C., Koblmüller, S., Gülly, C., Schlötterer, C., Sturmbauer, C. & Thallinger, G., 2013, in : PLoS ONE. 8, 6, S. e67048-e67048

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Comprehensive (epi)genome characterisation of CHO cells in response to evolutionary pressures

Feichtinger, J., Fischer, C., Borth, N. & Thallinger, G., 16 Sep 2016.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschungBegutachtung

Comprehensive Analysis of Genomic Data for 16 CHO Cell Lines to Investigate the (In)stability of the CHO Genome

Feichtinger, J., Fischer, C., Hernandez, I., Dhiman, H., Borth, N. & Thallinger, G., 2017.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Comprehensive Analysis of Genomic Data for 16 CHO Cell Lines to Investigate the (In)stability of the CHO Genome

Feichtinger, J., Fischer, C., Hernández López, I., Borth, N. & Thallinger, G., 2017.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Comprehensive genome and epigenome characterization of CHO cells in response to evolutionary pressures and over time

Feichtinger, J., Hernández, I., Fischer, C., Hanscho, M., Auer, N., Hackl, M., Jadhav, V., Baumann, M., Krempl, P. M., Schmidl, C., Farlik, M., Schuster, M., Merkel, A., Sommer, A., Heath, S., Rico, D., Bock, C., Thallinger, G. G. & Borth, N., Okt 2016, in : Biotechnology and Bioengineering. 113, 10, S. 2241-53 13 S.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

CHO Cells
Genes
Genome
DNA Methylation
Pressure

Control software for high-precision microspotting device

Maurer, M., Hackl, H., Jorde, C., Molidor, R., Thallinger, G., Wach, P. & Trajanoski, Z., 2000, 14th Annual Conference on Computational Genomics; J. Comput. Biol.. ., S. 643-643

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/KonferenzbandBeitrag in einem KonferenzbandForschungBegutachtung

Correlation Matrices for the Integrative Analysis of Transcriptome and Metabolome Data Sets

Kopp, W. & Thallinger, G., 2012.

Publikation: KonferenzbeitragPosterForschung

Could antibodies against serum amyloid A function as physiological regulators in humans?

Lakota, K., Thallinger, G., Cucnik, S., Bozic, B., Mrak-Poljsak, K., Ambrozic, A., Rozman, B., Blinc, A., Tomsic, M. & Sodin-Semrl, S., 2011, in : Autoimmunity. 44, 2, S. 149-158

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Critical Issues in Mycobiota Analysis

Halwachs, B., Madhusudhan, N., Krause, R., Nilsson, R. H., Moissl-Eichinger, C., Högenauer, C., Thallinger, G. G. & Gorkiewicz, G., 2017, in : Frontiers in Microbiology . 8, 180.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Microbiota
Computational Biology
Fungal Genes
rRNA Genes
Computer Simulation

Curation of the genome annotation of Pichia pastoris (Komagataella phaffii) CBS7435 from gene level to protein function

Valli, M., Tatto, N. E., Peymann, A., Gruber, C., Landes, N., Ekker, H., Thallinger, G. G., Mattanovich, D., Gasser, B. & Graf, A. B., Sep 2016, in : FEMS yeast research. 16, 6, fow051.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

Pichia
Open Reading Frames
Genome
Molecular Sequence Annotation
Genes