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A Comprehensive FXR Signaling Atlas Derived from Pooled ChIP-seq Data

Jungwirth, E., Panzitt, K., Marschall, H-U., Wagner, M. & Thallinger, G. G., 2019, in : Studies in health technology and informatics. 260, S. 105-112 8 S.

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Open Access

A concise review of significantly modified serological biomarkers in giant cell arteritis, as detected by different methods

Burja, B., Kuret, T., Sodin-Semrl, S., Lakota, K., Rotar, Ž., Ješe, R., Mrak-Poljšak, K., Žigon, P., Thallinger, G. G., Feichtinger, J., Čučnik, S., Tomšič, M., Praprotnik, S. & Hočevar, A., 1 Feb 2018, in : Autoimmunity Reviews. 17, 2, S. 188-194

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Active HHV-6 Infection of Cerebellar Purkinje Cells in Mood Disorders

Prusty, B. K., Gulve, N., Govind, S., Krueger, G. R. F., Feichtinger, J., Larcombe, L., Aspinall, R., Ablashi, D. V. & Toro, C. T., 2018, in : Frontiers in Microbiology . 9, 12 S., 1955.

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Cellular Immune Response Involving Multinucleated Giant Hemocytes with Two-Step Genome Amplification in the Drosophilid Zaprionus indianus

Cinege, G., Lerner, Z., Magyar, L. B., Soós, B., Tóth, R., Kristó, I., Vilmos, P., Juhász, G., Kovács, A. L., Hegedűs, Z., Sensen, C. W., Kurucz, É. & Andó, I., 25 Sep 2019, in : Journal of Innate Immunity. 16 S.

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Open Access

Comparison and evaluation of integrative methods for the analysis of multilevel omics data: a study based on simulated and experimental cancer data

Pucher, B. M., Zeleznik, O. A. & Thallinger, G. G., 25 Mär 2019, in : Briefings in Bioinformatics. 20, 2, S. 671-681

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Comparison of tear proteome in allergic rhinoconjunctivitis patients and controls with respect to pollen season

Tomazic, P. V., Liesinger, L., Pucher, B., Thallinger, G. G., Leitner, A., Spoerk, S., Gerstenberger, C., Lang-Loidolt, D. & Birner-Gruenberger, R., Jul 2018, in : Allergy. 73, 7, S. 1541-1543

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Critical Issues in Mycobiota Analysis

Halwachs, B., Madhusudhan, N., Krause, R., Nilsson, R. H., Moissl-Eichinger, C., Högenauer, C., Thallinger, G. G. & Gorkiewicz, G., 2017, in : Frontiers in Microbiology . 8, 180.

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Cytoplasmic location of NR4A1 in aggressive lymphomas is associated with a favourable cancer specific survival

Fechter, K., Feichtinger, J., Prochazka, K., Unterluggauer, J. J., Pansy, K., Steinbauer, E., Pichler, M., Haybaeck, J., Prokesch, A., Greinix, H. T., Beham-Schmid, C., Neumeister, P., Thallinger, G. G. & Deutsch, A. J. A., 28 Sep 2018, in : Scientific Reports. 8, 1, 14528.

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Deciphering lipid structures based on platform-independent decision rules

Hartler, J., Triebl, A., Ziegl, A., Trötzmüller, M., Rechberger, G. N., Zeleznik, O. A., Zierler, K. A., Torta, F., Cazenave-Gassiot, A., Wenk, M. R., Fauland, A., Wheelock, C. E., Armando, A. M., Quehenberger, O., Zhang, Q., Wakelam, M. JO., Haemmerle, G., Spener, F., Köfeler, H. C. & Thallinger, G. G., 1 Dez 2017, in : Nature methods. 14, 12, S. 1171-1174

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Deletion of Adipose Triglyceride Lipase Links Triacylglycerol Accumulation to a More-Aggressive Phenotype in A549 Lung Carcinoma Cells

Tomin, T., Fritz, K., Gindlhuber, J., Waldherr, L., Pucher, B., Thallinger, G. G., Nomura, D. K., Schittmayer, M. & Birner-Gruenberger, R., 6 Apr 2018, in : Journal of proteome research. 17, 4, S. 1415-1425

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Determination of the Isotopic Enrichment of 13C- and 2H-Labeled Tracers of Glucose Using High-Resolution Mass Spectrometry: Application to Dual- and Triple-Tracer Studies

Trötzmüller, M., Triebl, A., Ajsic, A., Hartler, J., Köfeler, H. & Regittnig, W., 21 Nov 2017, in : Analytical Chemistry. 89, 22, S. 12252-12260 9 S.

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Enterobacteriaceae dominate the core microbiome and contribute to the resistome of arugula (Eruca sativa Mill.)

Cernava, T., Erlacher, A., Soh, J., Sensen, C. W., Grube, M. & Berg, G., 29 Jan 2019, in : Microbiome. 7, 1, S. 13 13.

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Enzymes revolutionize the bioproduction of value-added compounds: From enzyme discovery to special applications

Wiltschi, B., Cernava, T., Dennig, A., Galindo, M., Geier, M., Gruber, S., Haberbauer, M., Heidinger, P., Acero, E. H., Kratzer, R., Luley-Goedl, C., Müller, C. A., Pitzer, J., Ribitsch, D., Sauer, M., Schmölzer, K., Schnitzhofer, W., Sensen, C. W., Soh, J., Steiner, K. &3 mehrWinkler, C. K., Winkler, M. & Wriessnegger, T., 22 Jan 2020, in : Biotechnology Advances. S. 107520

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Erratum: Enzyme discovery beyond homology: a unique hydroxynitrile lyase in the Bet v1 superfamily

Lanfranchi, E., Pavkov-Keller, T., Koehler, E-M., Diepold, M., Steiner, K., Darnhofer, B., Hartler, J., Bergh, T. V. D., Joosten, H-J., Gruber-Khadjawi, M., Thallinger, G. G., Birner-Gruenberger, R., Gruber, K., Winkler, M. & Glieder, A., 26 Mai 2017, in : Scientific Reports. 7, 46834.

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Open Access

Evaluation of Host-based Molecular Markers for the Early Detection of Human Sepsis

Ullrich, E., Heidinger, P., Soh, J., Villanova, L., Grabuschnig, S., Bachler, T., Hirschböck, E., Sánchez-Heredero, S., Ford, B., Sensen, M., Rosales Rodriguez, I., Schwendenwein, D., Neumeister, P., Zurl, C. J., Krause, R., Lorenz Khol, J. & Sensen, C. W., 1 Feb 2020, in : Journal of Biotechnology.

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Exploring functional contexts of symbiotic sustain within lichen-associated bacteria by comparative omics

Grube, M., Cernava, T., Soh, J., Fuchs, S., Aschenbrenner, I., Lassek, C., Wegener, U., Riedel, K., Sensen, C. W. & Berg, G., 2015, in : The ISME journal. 9, 2, S. 412-424

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Open Access

Expression profile of translation initiation factor eIF2B5 in diffuse large B-cell lymphoma and its correlation to clinical outcome

Unterluggauer, J. J., Prochazka, K., Tomazic, P. V., Huber, H. J., Seeboeck, R., Fechter, K., Steinbauer, E., Gruber, V., Feichtinger, J., Pichler, M., Weniger, M. A., Küppers, R., Sill, H., Schicho, R., Neumeister, P., Beham-Schmid, C., Deutsch, A. J. A. & Haybaeck, J., 22 Aug 2018, in : Blood Cancer Journal. 8, 9, 79.

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Open Access

Four distinct types of E.C. 1.2.1.30 enzymes can catalyze the reduction of carboxylic acids to aldehydes

Stolterfoht, H., Schwendenwein, D., Sensen, C. W., Rudroff, F. & Winkler, M., 2017, in : Journal of Biotechnology. 257, S. 222-232

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Gene and miRNA expression in giant cell arteritis-a concise systematic review of significantly modified studies

Kuret, T., Burja, B., Feichtinger, J., Thallinger, G. G., Frank-Bertoncelj, M., Lakota, K., Žigon, P., Sodin-Semrl, S., Čučnik, S., Tomšič, M. & Hočevar, A., Feb 2019, in : Clinical Rheumatology. 38, 2, S. 307-316

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High-throughput in-field bioprospecting for cyanogenic plants and hydroxynitrile lyases

Tomescu, M-S., Davids, D., DuPlessis, M., Darnhofer, B., Birner-Gruenberger, R., Archer, R., Schwendenwein, D., Thallinger, G., Winkler, M. & Rumbold, K., 2020, in : Biocatalysis and Biotransformation. 38, 3, S. 234-240

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Host-associated microbiomes are predicted by immune system complexity and climate

Woodhams, D. C., Bletz, M. C., Becker, C. G., Bender, H. A., Buitrago-Rosas, D., Diebboll, H., Huynh, R., Kearns, P. J., Kueneman, J., Kurosawa, E., LaBumbard, B. C., Lyons, C., McNally, K., Schliep, K. P., Shankar, N., Tokash-Peters, A. G., Vences, M. & Whetstone, R., 2020, in : Genome biology. 21, 23

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Open Access

Hydrogen-driven cofactor regeneration for stereoselective whole-cell C=C bond reduction in Cupriavidus necator

Assil Companioni, L., Schmidt, S., Heidinger, P., Schwab, H. & Kourist, R., 19 Mär 2019, in : ChemSusChem. 12, 11, S. 2361-2365 5 S.

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Influence of domestic and environmental weathering in the self-cleaning performance and durability of TiO2 photocatalytic coatings

Cedillo-Gonzálaz, E. I., Barbieri, V., Torres-Martínez, L. M., Falcaro, P., Juárez-Ramírez, I., Villanova, L., Montecchi, M. & Pasquali, L., 2018, in : Building and Environment. 132, S. 96-103 8 S.

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jmzTab-M: A Reference Parser, Writer and Validator for the Proteomics Standards Initiative mzTab 2.0 Metabolomics Standard

Hoffmann, N., Hartler, J. & Ahrends, R., 17 Sep 2019, in : Analytical Chemistry. 4 S.

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Let them fall where they may: congruence analysis in massive phylogenetically messy data sets

Leigh, J. W., Schliep, K., Lopez, P. & Bapteste, E., Okt 2011, in : Molecular biology and evolution. 28, 10, S. 2773-85 13 S.

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Lipidomics: Prospects from a technological perspective

Triebl, A., Hartler, J., Trötzmüller, M. & Köfeler, H. C., Aug 2017, in : Biochimica et Biophysica Acta / Molecular and Cell Biology of Lipids. 1862, 8, S. 740 746 S.

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Open Access

Lipidomics by ultrahigh performance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry and its application to complex biological samples

Triebl, A., Trötzmüller, M., Hartler, J., Stojakovic, T. & Köfeler, H. C., 15 Mai 2017, in : Journal of chromatography / B. 1053, S. 72-80 9 S.

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Local mobile gene pools rapidly cross species boundaries to create endemicity within global Vibrio cholerae populations

Boucher, Y., Cordero, O. X., Takemura, A., Hunt, D. E., Schliep, K., Bapteste, E., Lopez, P., Tarr, C. L. & Polz, M. F., 2011, in : mBio. 2, 2

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MetExtract II: A Software Suite for Stable Isotope-Assisted Untargeted Metabolomics

Bueschl, C., Kluger, B., Neumann, N. K. N., Doppler, M., Maschietto, V., Thallinger, G. G., Meng-Reiterer, J., Krska, R. & Schuhmacher, R., 5 Sep 2017, in : Analytical Chemistry. 89, 17, S. 9518-9526

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Methanol independent induction in Pichia pastoris by simple derepressed overexpression of single transcription factors

Vogl, T., Sturmberger, L., Fauland, P. C., Hyden, P., Fischer, J. E., Schmid, C., Thallinger, G. G., Geier, M. & Glieder, A., 1 Apr 2018, in : Biotechnology and Bioengineering. 115, 4, S. 1037-1050

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Myristic acid induces proteomic and secretomic changes associated with steatosis, cytoskeleton remodeling, endoplasmic reticulum stress, protein turnover and exosome release in HepG2 cells

Speziali, G., Liesinger, L., Gindlhuber, J., Leopold, C., Pucher, B., Brandi, J., Castagna, A., Tomin, T., Krenn, P., Thallinger, G. G., Olivieri, O., Martinelli, N., Kratky, D., Schittmayer, M., Birner-Gruenberger, R. & Cecconi, D., 15 Jun 2018, in : Journal of proteomics. 181, S. 118-130

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mzTab-M: a data standard for sharing quantitative results in mass spectrometry metabolomics

Hoffmann, N., Rein, J., Sachsenberg, T. T., Hartler, J., Haug, K., Mayer, G., Alka, O., Dayalan, S., Pearce, J. T. M., Rocca-Serra, P., Qi, D., Eisenacher, M., Perez-Riverol, Y., Vizcaíno, J. A., Salek, R. M., Neumann, S. & Jones, A. R., 28 Jan 2019, in : Analytical Chemistry. 91, 5, S. 3302-3310 9 S.

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NR4A3 Suppresses Lymphomagenesis through Induction of Proapoptotic Genes

Deutsch, A. J. A., Rinner, B., Pichler, M., Prochazka, K., Pansy, K., Bischof, M., Fechter, K., Hatzl, S., Feichtinger, J., Wenzl, K., Frisch, M-T., Stiegelbauer, V., Prokesch, A., Krogsdam, A., Sill, H., Thallinger, G. G., Greinix, H. T., Wang, C., Beham-Schmid, C. & Neumeister, P., 1 Mai 2017, in : Cancer Research. 77, 9, S. 2375-2386

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Of woods and webs: possible alternatives to the tree of life for studying genomic fluidity in E. coli

Beauregard-Racine, J., Bicep, C., Schliep, K., Lopez, P., Lapointe, F-J. & Bapteste, E., 20 Jul 2011, in : Biology Direct. 6, S. 39; discussion 39

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Phylogenetic Signal And Evolutionary Correlates Of Urban Tolerance In A Widespread Neotropical Lizard Clade

Winchell, K. M., Schliep, K. P., Mahler, D. L. & Revell, L. J., 2020, (Angenommen/In Druck) in : Evolution.

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Phylogenomics uncovers early hybridization and adaptive loci shaping the radiation of Lake Tanganyika cichlid fishes

Irisarri, I., Singh, P., Koblmüller, S., Torres-Dowdall, J., Henning, F., Franchini, P., Fischer, C., Lemmon, A. R., Lemmon, E. M., Thallinger, G. G., Sturmbauer, C. & Meyer, A., 8 Aug 2018, in : Nature Communications. 9, 1, 3159.

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Plasticity of a holobiont: desiccation induces fasting-like metabolism within the lichen microbiota

Cernava, T., Aschenbrenner, I., Soh, J., Sensen, C. W., Grube, M. & Berg, G., 11 Okt 2018, in : The ISME journal. 10 S.

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Open Access

Proposal for a common nomenclature for fragment ions in mass spectra of lipids

Pauling, J. K., Hermansson, M., Hartler, J., Christiansen, K., Gallego, S. F., Peng, B., Ahrends, R. & Ejsing, C. S., Nov 2017, in : PLoS ONE. 12, 11, S. e0188394 21 S.

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The CXCR4-CXCL12-Axis Is of Prognostic Relevance in DLBCL and Its Antagonists Exert Pro-Apoptotic Effects In Vitro

Pansy, K., Feichtinger, J., Ehall, B., Uhl, B., Sedej, M., Roula, D., Pursche, B., Wolf, A., Zoidl, M., Steinbauer, E., Gruber, V., Greinix, H. T., Prochazka, K. T., Thallinger, G. G., Heinemann, A., Beham-Schmid, C., Neumeister, P., Wrodnigg, T. M., Fechter, K. & Deutsch, A. J., 24 Sep 2019, in : International Journal of Molecular Sciences . 20, 19, 4740.

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Open Access

The Human Gastric Microbiome Is Predicated upon Infection with Helicobacter pylori

Klymiuk, I., Bilgilier, C., Stadlmann, A., Thannesberger, J., Kastner, M-T., Högenauer, C., Püspök, A., Biowski-Frotz, S., Schrutka-Kölbl, C., Thallinger, G. G. & Steininger, C., 14 Dez 2017, in : Frontiers in Microbiology . 8, 2508.

Publikation: Beitrag in einer FachzeitschriftArtikelForschungBegutachtung

The mitochondrial genome of the oribatid mite Paraleius leontonychus: new insights into tRNA evolution and phylogenetic relationships in acariform mites

Schäffer, S., Koblmüller, S., Klymiuk, I. & Thallinger, G. G., 15 Mai 2018, in : Scientific Reports. 8, 1, 7558.

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Utility of serological biomarkers for giant cell arteritis in a large cohort of treatment-naïve patients

Burja, B., Feichtinger, J., Lakota, K., Thallinger, G. G., Sodin-Semrl, S., Kuret, T., Rotar, Ž., Ješe, R., Žigon, P., Čučnik, S., Mali, P., Praprotnik, S., Tomšič, M. & Hočevar, A., Feb 2019, in : Clinical Rheumatology. 38, 2, S. 317-329

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